随着经济的迅速发展,经济交往日渐复杂,社会矛盾更加多元,新型纠纷层出不穷,现代社会的纠纷较以往呈现出范围广、扩散大,受害者众多且不特定的特点,伴随着公益诉讼制度的建立和多元化纠纷解决观念的提出,将调解程序纳入民事公益诉讼纠纷解决途径在实践中已取得较为不错效果。但笔者通过对民事公益诉讼与调解制度各作理论梳理发现,在理论层面,调解制度在民事公益诉讼中已无可生长土壤。由此可知,其该制度之理论与实践存在严重对立冲突,此矛盾冲突问题即构成民事公益诉讼适用调解制度的关键所在。我国立法机关在理论基础尚未牢固之际,超前肯定调解于民事公益诉讼之适用,其立法目的为何值得深思。为此,本文所研究的方向即为针对该问题进行探讨。具体而言,首先通过理论与实践两个维度的观察对比,提出民事公益诉讼调解程序在理论与实践层面存在的矛盾冲突问题;其次通过对调解自身优势的介绍,明晰肯定调解在民事公益诉讼制度中适用的原因所在,即通过对实践之肯定与理论之否定两个层面各自的原因的分析,探寻造成该矛盾冲突问题的成因,进而明确立法机关在理论并不完备的基础上肯定调解与民事公益诉讼适用的立法目的。最后,在厘清民事公益诉讼适用调解制度的核心问题的前提下,笔者提出有限调解的指导思想,将有限调解的思想具化至具体程序运行,一方面,对既有的规定进行考察分析,另一方面,对当前规定不完善之处提出建议。最终,通过对具体的程序构建,将诉讼和非诉讼两种纠纷解决机制相互协调,互相补充,实现民事公益诉讼纠纷解决途径扩张之目的,共同构建对社会公共利益的保护机制。