软件著作权侵权赔偿确定规则是权利人权益的重要保障。我国法律规定的赔偿规则共有三种方法,分别是实际损失法、违法所得法及法定赔偿法。从337份软件著作权侵权案件生效判决中来看,实际损失法适用率为1.7%,违法所得法适用率为2%,法定赔偿法适用率为96.3%。传统赔偿方式逐渐边缘化;法定赔偿适用泛化;软件著作权侵权损害赔偿获赔率低;不同地区的获赔情况存在差异;不同软件类型的获赔情况存在差异;法官对法律规定的酌定因素理解存在偏差,酌定因素的适用率不高。造成上述情况的原因有以下三个方面:一是实际损失法和违法所得法的适用存在现实困难。权利人取证困难,难以证明损失与行为之间的因果关系。二是法定赔偿法适用不规范。法定赔偿法的性质不明确,大量案件在缺乏证据的情况下,由法官自由裁量。三是法定赔偿规则不完善。酌定因素种类不完善,适用标准不明确。研究发现,法定赔偿法中与赔偿数额相关性最强的因素是市场价值,表明数额确定最大程度上取决于涉案软件的市场价值。不同软件类型、被告经营规模对赔偿数额具有一定影响。软件著作权侵权损害赔偿确定的依据是权利人实际损失,无论是哪种确定规则都应以权利人实际损失为轴心确定赔偿数额。应当改善软件实际损失法和违法所得法的适用环境;加强运用证据规则;规范法定赔偿规则的适用、明确计算方法、完善酌定因素种类、规范酌定规则适用标准;确立惩罚性赔偿原则。法官自由裁量权在事实和法律的框架内行使,充分保障权利人权益,提高侵权成本,遏制侵权行为,营造良好的创新环境,推动我国创新发展。