目的探讨头状葡萄球菌和表皮葡萄球菌临床株对利奈唑胺耐药的分子机制及其同源性,为医院感染的预防和控制及抗生素的合理使用提供依据。方法35株葡萄球菌收集自7所教学医院的住院患者,包括30株头状葡萄球菌（28株对利奈唑胺耐药,2株对利奈唑胺敏感）和5株对利奈唑胺耐药的表皮葡萄球菌。通过梅里埃Vitek-2 Compact系统对菌株重新鉴定和药敏试验。利奈唑胺耐药cfr和optrA基因则通过PCR扩增和产物测序确定。脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）检测菌株之间的同源性。S1核酸内切酶脉冲场凝胶电泳（S1-PFGE）检测菌株携带的质粒数目和大小。基于Illumina和PacBio RS Ⅱ（SMRT）测序平台,对分离自不同医院携带cfr基因的部分菌株进行全基因组测序,然后利用ResFinder和ISFinder等软件对数据进行分析。染色体和质粒结构分析图采用InkScape0.48.1软件绘制。结果①对利奈唑胺耐药的28株头状葡萄球菌和5株表皮葡萄球菌对青霉素、红霉素、环丙沙星、左氧氟沙星和莫西沙星的耐药率均为100%,而且对苯唑西林的耐药率也分别高达96.4%和80%。②经PCR扩增和产物测序确认,28株利奈唑胺耐药的头状葡萄球菌和5株利奈唑胺耐药的表皮葡萄球菌携带cfr基因阳性率分别为82.1%（23/28）和80%（4/5）,而2株利奈唑胺敏感的头状葡萄球菌未检出。另外,这35株葡萄球菌的optrA基因全部为阴性。③PFGE和聚类分析结果显示:30株头状葡萄球菌分为3群（A～C）,其Dice相似系数为74.9%～100.0%;5株表皮葡萄球菌的PFGE几乎一致,其Dice相似系数为89.2%～100.0%,而且这5株表皮葡萄球菌的MLST均属于ST 22型。这些结果表明利奈唑胺耐药的头状葡萄球菌和表皮葡萄球菌都在医院存在克隆传播。④通过高通量测序技术平台,获得3株头状葡萄球菌（QD2、QD12和QD40）和1株表皮葡萄球菌QD39的染色体和质粒的全序列。生物学信息分析显示:头状葡萄球菌QD2、QD12和QD40各有1条染色体和3个质粒,且携带的cfr基因分别位于质粒上（分别命名为pHJP338-2、pHJP381-2和pHJP410-3）;表皮葡萄球菌QD39含有1条染色体（HJP409-chr）和1个质粒,但携带的cfr基因位于染色体HJP409-chr上。⑤比较基因组学分析显示,携带cfr基因的质粒 pHJP338-2、pHJP381-2 和 pHJP410-3 与携带 cfr基因的 MRSA 菌株 LRSA417的质粒pLRSA417（GenBank No:KJ922127.1）的序列高度相似（覆盖率高达100%,核酸一致性99.17%）。另外,表皮葡萄球菌QD39染色体HJP409-chr的cfr区域由ISEnfa4-orf1-cfr-ISEnfa4 组成,也与 MRSA 菌株 LRSA417 的质粒 pLRSA417（GenBank No:KJ922127.1）中相对应的序列高度相似。结论①头状葡萄球菌和表皮葡萄球菌临床株对利奈唑胺耐药的主要分子机制是由于这些菌携带cfr基因,且该基因可位于质粒或染色体上。②在本研究的医院内和医院之间,存在利奈唑胺耐药的头状葡萄球菌和表皮葡萄球菌的克隆暴发流行。