目的：探讨肿瘤干细胞标记物Lgr5和CD44在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法：选取外科手术切除胃癌组织标本273例,术前均未经放、化疗。制成组织芯片蜡块,用免疫组化检测石蜡包埋的胃癌组织中的Lgr5和CD44蛋白表达。结果：胃癌组织中Lgr5阴性、低表达及高表达分别为79例(30.15%)、94例(35.88%)及89例(33.97%)。Lgr5表达与肿瘤pTNM分期相关(P=0.025)，Lgr5表达与肿瘤分化程度、浸润程度、脉管侵犯及淋巴结转移情况无相关性(P＞0.05)。胃癌组织中CD44阴性、低表达及高表达分别为134例(56.30%)、58例(24.37%)及46例(19.33%)。CD44表达与肿瘤分化程度、浸润程度、淋巴结转移情况、pTNM分期无相关性(P＞0.05)。胃癌中Lgr5和CD44的表达无相关性（p=0.8605）。Logistic回归分析显示，肿瘤分化程度、pTNM分期、Lgr5及CD44高表达均与不良预后相关。临床病理因素、Lgr5和CD44的表达水平与预后的单因素分析显示，肿瘤分化程度、pTNM分期、脉管侵犯、Lgr5高表达及CD44高表达均与预后相关(P<0.05)。多因素分析显示，肿瘤分化程度、pTNM分期、Lgr5高表达及CD44高表达均与预后相关(P<0.05)。结论：应用组织芯片大规模高效检测临床组织样本是可行的,具有快速、方便、经济、准确的特点。胃癌组织中Lgr5表达与肿瘤pTNM分期相关，Lgr5和CD44与肿瘤分化程度、pTNM分期均是胃癌的独立预后因子，有助于胃癌预后的判断。