菰(Zizania latifolia Turcz.),宿根水生草本植物。经黑粉菌侵染后茎基部膨大形成茭白,是一种重要的水生种质资源,在育种实践中发挥着重要作用。三江平原野生菰种类繁多,但因过度开垦使得生物多样性遭到严重的破坏。为了明晰野生菰的遗传多样性和遗传结构,本文在优化菰的序列相关多态性(SRAP)反应体系的基础上,对三江平原9个居群的菰进行遗传变异、居群结构评估,以期为菰种质资源评价、遗传多样性分析及遗传图谱构建等相关的研究提供技术支持。主要结果如下：1、菰SRAP-PCR反应体系的优化与建立 为了有效利用SRAP标记研究野生菰资源的遗传变异,以长江中下游龙感湖(N30°13’48", E 116°15’40’)和三江平原黑龙江沿岸(N49°12’15", E 129°43’27") 2个居群菰的幼嫩叶片为试材,利用单因素分析法对影响菰SRAP-PCR扩增效果的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、DNA模板和引物浓度等5种因素进行了优化。结果表明,适宜菰基因组的SRAP-PCR反应体系为1μL 10×Buffer,0.5UTaqDNA聚合酶,2mmol·L-1 MgCl2, 50 ng模板DNA,0.20mmol·L-1 dNTPs,正向和反向引物浓度均为0.7 mol·L-1,共10μL。同时选取5对引物,利用该体系对72份菰样本进行PCR扩增,共获得132条清晰谱带,其中91条具有多态性,比率为68.9%,说明建立的反应体系谱带清浙,多态性高且稳定可靠,可用于进一步的遗传分析。2、三江平原菰SRAP遗传多样性分析 以三江平原9个居群野生菰(共206个样品)的嫩叶为试材,运用POPGEN和HICKORY version 1.0软件计算每个居群的遗传多样性参数；采用TFPGA软件构建系统树,同时运用ARLEQUIN 2.0和2MOD软件进行AMOVA分子变异和基因流一漂变平衡分析。对菰进行遗传变异、居群结构评估结果显示,利用5对引物扩增产生了344个条带,其中311条具有多态性(多态率为90.41%)。居群内高的近交率(FIs=0.793)导致遗传多样性水平比较低(Pp=58.8%, He=0.156,I=0.244)。通过几种不同方法验证的F统计量都一致,表明居群之间有较大的遗传分化(约为总遗传变异的30%)。由贝叶斯方法中FST和共祖模拟分析的F值计算的基因流都表明居群之间的基因交流较小(Nm=0.609,M=0.600)。由于生境的严重片断化,在菰居群中遗传漂变比基因流对遗传结构的影响更大。依据以上结果,我们认为对于现有基因组类型的菰都应该尽可能的进行保存。