随着无线通信技术的快速发展和移动终端性能的提高，移动Ad Hoc网络在社会领域的运用也越来越广泛，例如当发生大地震、洪涝、交通事故以及遭受恐怖主义袭击，正常通信设备受损的情况下，应急通信的建立是最重要的事情之一。由于移动Ad Hoc网络具有多跳、移动性、网络拓扑结构动态变化、能量有限等特点，使得它容易受到网络恶意的攻击，如DOS攻击、黑洞攻击、窃听攻击等。因此，移动Ad Hoc网络安全问题成为近几年来研究的热点之一。以往的移动Ad Hoc网络的安全措施只停留在被动防御阶段，不能够积极有效的阻止黑客的攻击，如身份认证、加密等手段。入侵检测可以作为移动Ad Hoc网络的第二道安全防线，弥补入侵防御技术中的不足，能够有效提高移动Ad Hoc网络的安全性。生物免疫系统具有分布式、无中心控制节点、层次化结构、自学习等特点，能够对外来病原体的入侵起到良好清除的作用，维持机体的健康；另外，移动Agent是近几年来兴起的技术，它是分布式结构具有移动性、反应性、自主性、协作性、可执行性等特点。在实际应用中，将生物免疫原理与移动Agent相融合，提出了基于免疫Agent的应急移动Ad Hoc入侵检测模型。最后对入侵检测系统产生的大量漏警与误警，将博弈论思想引进到决策过程中，可以用来提高应急移动Ad Hoc网络入侵检测系统的检测效率。采用该方法，较好的解决了应急移动Ad Hoc网络安全问题，增强了应急移动Ad Hoc网络的性能。本文主要完成了以下研究工作：（1）为了减少路由维护代价，提高网络的性能，讨论了移动Ad Hoc网络的经典分簇的算法，分析了各算法的优缺点，提出了分布式的新自适应加权分簇算法，并对其进行了仿真分析。（2）对比了生物免疫系统与移动Ad Hoc入侵检测系统的相似性，结合生物免疫建立了移动Ad Hoc网络入侵检测理论模型，介绍了特征提取、生成规则、匹配规则以及检测器生成算法。（3）通过对比生物免疫系统与移动Agent系统的相似性，将两者结合应用于应急移动Ad Hoc网络入侵检测中。在以往的检测器算法的基础上，利用模糊理论的否定选择算法进行自体耐受，动态疫苗提取与接种技术来增加抗体的多样性。最后利用MATLAB进行仿真实验，动态疫苗提取与接种技术，能够一定程度上提高系统的检测率，降低误检率。（4）针对IDS系统由于网络性能降低引起的漏警率和误警率，提出基于博弈决策模型，以效用函数来评估，通过理论的分析攻防效益，得出系统采取一定概率进行响应，能够有效的提升IDS系统的检测效率。