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目的：应用蛋白质组学技术研究胃癌、肝癌、卵巢癌三种恶性肿瘤患者的血清差异蛋白表达,探寻具有潜在诊断意义的血清肿瘤标志物,以利于胃癌、肝癌、卵巢癌的诊断和防治。方法：1)收集胃癌患者20例和肝癌患者10例以及健康人20例血清样本,采用ClinProt磁珠纯化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption ionization-time of flight-mass spectrum, MALDI-TOF-MS)分析及ClinProTools生物信息学方法研究其血清差异蛋白表达；2)收集卵巢癌患者、卵巢良性肿瘤卵巢子宫内膜异位囊肿患者以及健康人各10例血清样本,采用shotgun蛋白组学研究方法,进行基于标记定量iTRAQ技术和2D nano HPLC-ESI-OrbiTrap MS/MS(纳升级两维高效液相色谱-电喷雾-OrbiTrap质谱)分离检测技术研究卵巢癌血清差异蛋白表达,建立生物标记物地图,筛选重要的差异蛋白。3)在原有的第二部分研究30例血清的基础上,进一步收集卵巢癌患者血清10例,卵巢子宫内膜异位囊肿患者血清6例,健康人血清10例,共计56例临床血清标本(卵巢癌20例,卵巢子宫内膜异位囊肿16例,健康人20例),采用Western Blot方法,将蛋白质组学筛选出的重要差异蛋白进行逐例血清样本的蛋白验证。结果：1)质荷比为2863Da和4965Da的蛋白峰能较好地鉴别胃癌和正常人组。质荷比为1618Da和4965Da的蛋白峰能较好地鉴别肝癌和正常人组。同正常人相比较,胃癌和肝癌存在共同的差异蛋白峰为4965Da。2)iTRAQ标记的定量蛋白质组学对卵巢癌血清差异蛋白表达的研究数据经搜索蛋白质数据库及数据处理后,共鉴定出iTRAQ标记定量信息的蛋白326个。相比于正常组在卵巢癌组中上调在1.2倍以上的差异蛋白有9个,下调在1.5倍以上的差异蛋白有75个。相比于正常组在卵巢良性囊肿组中上调在1.2倍以上的差异蛋白有32个,下调在1.5倍以上的差异蛋白有103个。依据卵巢癌组与正常组的差异蛋白和卵巢良性囊肿与正常组的差异蛋白进行对比,得到卵巢癌组对比良性囊肿组上调在1.2倍以上的差异蛋白有77个,下调在1.5倍以上的差异蛋白有43个。其中重点筛选出了8个重要的差异蛋白,它们在蛋白谱水平上明显区分了卵巢癌组、良性卵巢囊肿组和正常对照组血清。这8个重要的差异蛋白包括,蛋白PARD3,SRP1-alpha,LAMA4,LRP16,IgSF2,NRAMP1,NF-E2-related factor 1和APOA4。3)将其中发现的三个重要差异蛋白：APOA4蛋白、PARD3蛋白、NRAMP1蛋白,采用Western Blot技术进行逐例血清样本的蛋白验证筛查。结果APOA4蛋白逐例验证了血清56例(卵巢癌组20例,卵巢子宫内膜异位囊肿16例,健康对照20例)。在卵巢癌组表达量最低(0.7),卵巢子宫内膜异位囊肿组最高(1.2),健康对照组(1)介于其中。PARD3蛋白Western Blot结果不好,有杂带,放弃用该蛋白做临床血清逐例筛选。NRAMP1蛋白逐例验证了血清21例(卵巢癌组9例,卵巢子宫内膜异位囊肿6例,健康对照6例)。在卵巢癌组中表达量最高(1.3),卵巢子宫内膜异位囊肿组表达量最低(0.7),健康对照组(1)介于其中。结论：1)利用液体蛋白芯片-飞行时间质谱技术可从血清中筛选出胃癌、肝癌的潜在的标志蛋白,此技术对于发现和筛选血清中的胃癌、肝癌标志蛋白是一种很有前途的方法。2)利用iTRAQ标记的定量蛋白质组学技术初步筛选了卵巢癌、卵巢子宫内膜异位囊肿和正常人的血清差异蛋白,形成了可能的卵巢癌生物标记物地图。重点筛选出了8个重要的差异蛋白,可能是潜在的肿瘤标记物。其中三个差异蛋白经过临床患者血清的验证,NRAMP1蛋白在卵巢癌、良性卵巢炎症的发生发展中具有一定重要的作用,但因其在各血清样本中波动较大,所以判断该蛋白对于区分卵巢癌组与健康对照组实际应用意义会较低。APOA4蛋白在逐例血清验证中表现稳定,在CA125升高的患者群中,APOA4蛋白有可能成为区分恶性与良性卵巢疾病的生物标志物,从而尽早筛查出部分卵巢癌患者。