我国自2003年试点与实施新型农村合作医疗制度（简称“新农合制度”）以来，经过13年的发展已经取得诸多成果，如基本全面覆盖农村人口，筹资基金额大幅增长，门诊住院补偿比例和最高报销额不断提高，起付线不断降低，切实保障了广大农民享受医疗服务的权利。但是，新农合制度仍然存在一些缺陷，如筹资和补偿水平仍然偏低，基层医疗卫生服务资源缺乏，区域社会经济发展水平差异导致各地财政医疗卫生支出相差较大，扩大了新农合制度的横向不平等性。在诸多问题中，新农合制度的不平等性作为核心问题备受关注，且集中体现在筹资问题和受益问题两个方面，不仅直接影响参合农民的积极性，而且会损害参合农民平等的享受医疗保障的权益。因此，在新农合制度发展到相对稳定的阶段之后，必须关注解决新农合的不平等性问题。　　首先，本文在国内外文献综述的基础上，采用描述统计方法分析我国新农合制度的不平等性。通过比较分析发现，我国新农合制度在筹资和受益方面存在明显的不平等性，由于地方政府财政支出能力存在差异和对新农合重视程度的不同，使得即使地理相邻的两个地市或者省份，其新农合筹资和补偿政策差异较大，农民享受医疗服务的权益存在较大的不平等性。　　其次，为了进一步研究新农合筹资和补偿不平等性的来源，本文以地级市的新农合制度指标数据为基础，将全国划分为三大地带间、带内省际间和省内市际间三个级次，利用泰尔指数二阶嵌套分解的方法分别测算以上三个级次的泰尔指数及其对整体差异的贡献率。分解结果表明，带内省际间差异是造成新农合不平等性的主要来源，2013年对筹资不平等贡献率达到70.74％，其次为省内市际间(20.13％)，影响最小的是三大地带间差异(9.12％)。　　再次，针对造成新农合不平等性的主要来源（即带内省际间差异），本文通过实证分析的方法进一步找出其差异不断扩大的影响因素。为此，本文采用CLAD估计的方法对体制外因素进行回归分析，实证结果表明，区域间经济发展差异、农村发展水平和地方政府财政支出结构对省际间的新农合不平等性存在显著影响，其中经济水平差异扩大了新农合制度的不平等性;农村发展水平的提高有助于缩小新农合不平等性;财政支出中医疗卫生支出比重越高，新农合制度的不平等性越小。　　最后，本文对上述实证结果进行分析总结，有针对性地提出相关政策建议，包括区域经济发展策略、城乡发展建议、财政支出结构调整、基层医疗卫生服务资源和财政补贴五个方面。