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本研究以中华蜜蜂(Apis cerana cerana)为材料,通过转录组测序技术获得了中华蜜蜂的转录组信息,并通过数字基因表达谱(Digital Ggene Expression Profile,DGE)测序分析比较了中华蜜蜂蜂王和工蜂的基因表达差异。另外克隆了中华蜜蜂DNA甲基化转移酶3(DNA methyltransferase3,Dnmt3)基因及分析了其mRNA的表达。通过转录组测序技术,获得了51.581.510条clean reads对应4.64Gb核苷酸。这止匕reads组装成46.999个Unigene,平均长度676bP。基于五个数据库(nr、Swiss-Prot、 GO、KEGG和COG)用Blastx进行相似性比对(E值<10-5),共有24.630个unigenes被注释。将获得的转录组数据作为参考数据库,用DGE方法分析比较中华蜜蜂蜂王和工蜂的基因表达差异。分别从蜂王和工蜂中获得5,962,735和5.663,952标签。检测到414个基因有差异表达,蜂王与工蜂相比,其中189个是上调,225个是下调。我们选择了10个差异表达的unigenes,用qRT-PCR验证了在蜂王和工蜂中的表达,结果显示这些基因的qRT-PCR结果与DGE数据相符合。采用RT-PCR技术克隆了Dnmt3基因；采用荧光定量PCR检测不同发育时期工蜂和蜂王头部的Dnmt3基因mRNA的表达量。结果表明：该基因cDNA序列全长2277bp,编码758个氨基酸残基,预测的蛋白分子量为88.24kD,等电点为7.85。经氨基酸序列比对,与西方蜜蜂Apis mellifera Dnmt3有99%的同源性。该基因在工蜂和蜂王不同发育时期均有表达,1日龄工蜂与7日龄工蜂中没有显著差异(P>0.05),30日龄工蜂中的表达量显著高于1日龄与7日龄工蜂(P<0.05)；蜂王蛹中的表达量显著高于工蜂蛹(P<0.05)；1日龄的蜂王中的表达量显著高于1日龄的工蜂(P<0.05)；产卵工蜂与产卵蜂王中的表达量没有差异(P>0.05)。这表明Dnmt3可能与工蜂劳动分工及蜜蜂卵巢发育有关。