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目的:应用Illumina高通量测序技术研究先天性巨结肠(HD)与先天性巨结肠小肠结肠炎(HAEC),及其与HAEC缓解期(HAEC-R)患儿肠道菌群组成差异。此外,回顾性探究HAEC反复发作的临床非手术影响因素。方法:研究第一部分入组2例HD和2例HAEC患儿,于手术中采集不同肠道部位的内容物并编号,共采集13个样本,其中HD样本5个,HAEC样本8个。研究第二部分入组5例HD,5例HAEC及3例HAEC-R患儿,术中采集不同肠道部位的内容物并编号,共35个样本,其中HD,HAEC和HAEC-R组样本数分别为12,17和6个。实验室步骤:均使用PowerSoil DNA isolation kit试剂盒提取样本微生物总DNA,采用引物515F和806R对16S rRNA V4区基因片段进行扩增,应用Illumina Miseq平台测序,采用RDP classifier贝叶斯算法对OTU代表序列进行分类学分析,并在门纲目科属水平分析各组患儿肠道菌群群丰度以及构成,利用QIIME计算Alpha多样性和Beta多样性。利用LDA Effect Size分析(Linear discriminant analysis coupled with effect size measurements,LefSe)比较各组间微生物群落差异。此外,回顾性分析67例接受巨结肠根治术患儿的临床资料,将入组患儿分为三组,肠炎反复发作组:小肠结肠炎发作≥3次者;肠炎组:发作1-2次者;无肠炎组:未发生肠炎者。应用SPSS19.0统计软件分析HAEC反复发作的7个非手术影响因素,包括患儿性别,根治术年龄,病变类型,术前有无营养不良、低白蛋白血症、小肠结肠炎、上呼吸道或肺部感染。结果:研究发现,在门纲目科属各水平上,HD组与HAEC组患儿的肠道菌群组成存在显著差异(P<0.05),而HAEC-R组肠道菌群模式类似于HAEC组(P>0.05)。Alpha多样性和Beta多样性分析显示,肠道近远端肠道菌群无统计学差异(P<0.05)。Beta多样性分析显示,每个HD患儿不同肠道部位的肠道菌群模式不同,并保持其各自部位应有的特点(P<0.05),而每个HAEC及HAEC-R患儿不同肠道部位的肠道菌群模式极其相似,失去了各自部位原有的菌群特点(P>0.05)。此外,回顾性分析HAEC反复发作临床危险因素的研究中,Fisher精确检验结果显示,三组间性别和根治术年龄均无统计学差异(P>0.05);肠炎反复发作组患儿的病变类型,低白蛋白血症发生率与肠炎组相比均无统计学差异(P>0.05);肠炎反复发作组术前营养不良,小肠结肠炎,上呼吸道或肺部感染发生率与肠炎组相比均存在统计学差异(P<0.05),而肠炎组与无肠炎组无统计学差别(P>0.05)。多因素Logistic回归分析显示,术前营养不良,术前小肠结肠炎为小肠结肠炎反复发作的危险因素(OR=9.000,95%CI=1.355-59.783;OR=8.667,95%CI=1.526-49.220)。结论:HD组与HAEC组患儿的肠道菌群组成存在显著差异,而HAEC-R组肠道菌群组成类似于HAEC组,提示HD患儿发生肠炎后其肠道菌群模式发生改变,且肠炎症状缓解后其肠道菌群模式并未恢复至无肠炎状态,故HAEC发生及其反复发作可能是由于肠道菌群模式改变且持续存在。同时,有无神经节细胞并不是影响肠道菌群组成的主要决定因素;而有无特定肠道致病菌的定植可能是影响HAEC发生的重要原因。此外,HAEC反复发作与性别,根治术年龄,病变类型,低白蛋白血症无统计相关性。术前营养不良,术前小肠结肠炎可能是HAEC反复发作的危险因素。尚需进一步扩大样本量进行纵向研究,以探究HD,HAEC及其病程不同阶段的肠道菌群模式,以期揭示肠道菌群模式变化在肠炎不同病程阶段(发作/缓解/复发)发病机制中的关键作用,为其防治提供理论基础。同时需进一步进行大样本的前瞻性临床RCT研究观察改善HAEC肠道菌群模式对防治HAEC反复发作的可能作用。