我国的医药产业经过几十年的发展，尤其是改革开放以后的二十几年的蓬勃发展，现在已经具备了相当的实力。但是另一方面，由于我国长期不重视医药技术的自主创新，基本上是依靠模仿别人生存，创新能力一直相当低下。在加入WTO以后，随着药品知识产权保护的加强，我国的医药产业面临内外交困的局面：实力强大的跨国医药集团挤压国内企业的生存空间；国内制药企业资金不足、技术落后陷入了无法自拔的困境。医药产业属于高技术产业，我国的医药产业要突破重围，唯一的途径就是自主创新。发达国家医药技术创新主力都是医药生产企业，我国的改革方向也应该是培养企业成为研发工作的主体。国家应该从经济上，从资源上利用行政力量组合产、学、研的力量支持企业自主研发。项目的定义是：一系列相关工作，这些工作通常会有一些主要的产出，同时需要一段时间去完成。项目管理是一个高效而且应用广泛的管理手段，医药技术创新中同样具有一次性、有时间、预算限制、有目的要求的工作，因此项目管理同样可以应用于医药技术创新管理中。其中最为重要的是如何高效的组织完成这些相关工作，本文用“项目流程管理”的概念对此进行重点研究。结合我国课题制执行的效果，提出了在我国应该大力建设“合同研究组织”整合医药研发流程，以及改革知识产权制度和大学科研机构，发挥流程相关环节效率的政策建议。