关联交易本身属于中性经济范畴。但是由于我国法律允许关联交易价格由关联双方协商确定,再加上先前学者已经发现关联交易是大股东“掏空”上市公司的惯用手段,所以现在的关联交易已经偏离了中性色彩。从股权角度来看,我国上市公司普遍存在“终极控制人”现象,终极控制人两权分离是其掏空上市公司的最大动力。另外,最近几年我国的机构投资者频繁发生参与上市公司治理的事件,无论是两年前的重庆啤酒“罢董”风波,还是最近的三家机构联合博弈上海家化掌门人事件,都已经在告示,我国的机构投资者开始“苏醒”。那么,如果把终极控制人、机构投资者和关联交易放在一起研究,会出现什么现象呢?基于此,本文研究了终极控制人、机构投资者和关联交易的关系,分别从关联交易整体和关联交易具体类型选择两个角度研究了终极控制人对上市公司关联交易的影响,以及机构投资者对它们的作用。本文对我国沪深两市A股934家上市公司2008年至2012年的数据进行实证分析得出以下结论：(1)从关联交易整体角度来看,终极控制人因两权分离加大了其与上市公司的关联交易,掏空机会随之增加；机构投资者对其产生了制衡作用,而且当终极控制人为自然人时,机构投资者的制衡作用更为明显。(2)在交易类型选择上,终极控制人对三类交易均有偏好,而且政府和自然人偏好不同；机构投资者的作用也不同,其助长了终极控制人对第一类交易的选择,制衡了对第三类关联交易的选择,“无所谓”了对第二类关联交易选择,而且对不同性质终极控制人的制衡也不同,机构投资者具有“避其锋芒"的嫌疑。