长蛸（Octopus minor）、真蛸（Octopus vulgaris）、莱氏拟乌贼（Sepioteuthislessoniana）是经济头足类，其肉嫩味美、营养丰富，是深受世界各地人们喜爱的美食。近年来，生存环境的破坏、过度捕捞等使其自然资源遭到破坏。因此，开展种群遗传结构调查对其资源保护具有极其重要的意义。微卫星标记以其共显性，高多态性等特点成为研究遗传结构和生物进化的有力工具。本研究应用磁珠选择法从基因组中分离了3种头足类的微卫星位点，共获得微卫星序列230条，分析其多态性，并向GenBank提交微卫星序列53条。目前，头足类中微卫星位点的开发工作还处在起步阶段，长蛸、莱氏拟乌贼的微卫星位点未见报道，而真蛸也只有Greatorex等（2000）开发的6个位点，这远不能满足头足类种质资源调查和遗传多样性研究的需要。本实验采集山东荣成（37.16°N，122.41°E）的长蛸，福建霞浦（26.89°N，120.00°E）的真蛸，海南陵水（18.48°N，110.02°E）的莱氏拟乌贼野生个体，应用磁珠杂交富集法进行了微卫星位点的分离。从长蛸富集文库中PCR筛选625个菌落，挑取115个克隆测序，最后设计了50对引物，经聚丙烯酰胺凝胶检测获得12个多态性微卫星位点；筛选真蛸250个菌落，挑取70个克隆测序，设计55对引物，最后筛选出17个多态性位点；挑取360个莱氏拟乌贼菌落进行PCR筛选，送97个克隆测序，共设计引物52对，24个位点具有多态性。采集野生群体检测其多态性，等位基因数目、观测杂合度、期望杂合度等参数被用来评估每个位点的多态性水平。长蛸12个位点中，等位基因数为2-11，平均值为5.4；观测杂合度为0.200-1.000，平均0.635；期望杂合度为0.235-0.869，平均0.630。真蛸17个位点中，等位基因数位3-17，平均值为8.5；观测杂合度0.154-1.000，平均0.809；期望杂合度为0.214-0.925,平均0.750。莱氏拟乌贼24个位点，等位基因数为4-26，平均13.5；观测杂合度为0.188-0.828，平均0.675；期望杂合度为0.392-0.921，平均0.852。这些位点将成为调查3种头足类种群遗传结构的有力工具。