财政科技支出,是政府为了国家科技活动的发展所给予的资金支持,是保障国家重大科技计划实施,实现建设创新型国家战略目标的主要手段。财政科技支出项目绩效评价是依据经济学、管理学、统计学的理论和方法,考虑财政科技支出项目的经济性、社会性、可计量性等特点,构建相应的指标体系和计算体系,采用定量与定性的对比分析,按照一定的程序对财政科技支出项目的绩效做出客观、公正和准确的评价。政府对科技项目进行绩效评价,有利于提高科技项目经费的使用效益,优化财政支出结构,改进我国的公共财政支出管理体制,促进创新型国家战略目标的实现。与科研发达国家相比,我国的财政科技支出项目绩效评价起步较晚。1986年国家自然科学基金委员会成立后,同行评议机制才被正式引入到国内。直到2003年《科学技术评价办法》的颁布,我国的科技项目评价工作才开始向规范化和法制化的方向发展。至今,我国一直处于对财政科技支出项目评价工作的摸索状态中,通过十几年的实践,在科技项目的申请、年度检查、中期评估和项目验收等环节的管理方面取得了一定的成就,并且初步建立了科技项目评价工作规范,但是尚未形成一套完整的科技项目绩效评价体系。本文以内生增长理论、新公共管理理论、公共产品最优供给理论和平衡计分卡理论为基础,运用定性分析与定量分析、理论分析与实证分析相结合的方法对财政科技支出项目绩效评价进行了多层次、多角度的综合分析。总结了我国财政科技支出项目绩效评价工作的发展过程和现状,分析了我国财政科技支出项目绩效评价存在的问题,在借鉴国外财政科技支出绩效评价的研究成果和实践经验的基础上,构建适合我国应用的科学可行的评价指标体系和评价标准,并通过案例对我国财政科技支出项目绩效评价体系进行实证分析。最后,对如何改进我国的财政科技支出项目绩效评价工作提了几点建议。