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苜蓿(Medicago L.)享有“牧草之王”的美誉,产草量高,营养价值好,是优质蛋白饲料来源。苜蓿的产量性状由多基因控制,GWAS分析是数量性状的一种有效研究方法。本研究以紫花苜蓿品种群体为试验材料,对紫花苜蓿13个主要的产量相关性状进行测定,利用53028个SNP分子标记进行全基因组关联分析。主要结果如下:1.产量相关性状分析对119份紫花苜蓿的13个产量相关性状进行表型分析,变异系数范围为10.57%(E1,PH)-45.09%(E3,SDW);遗传多样性指数范围为1.80%(E3,SDW)-2.10%(E1,NMSB)。13个性状的相关性表明,鲜草产量和干草产量都与株高、根茎分枝数显著正相关。叶片数与主茎枝条数、茎粗、茎干重、叶干重、茎叶比显著正相关。2.紫花苜蓿遗传多样性分析利用均匀分布的234个SNP标记,通过Structure软件将119个紫花苜蓿品种划分为2个亚群。利用53028个SNP标记构建系统进化树,将119份紫花苜蓿品种划分为3个类群。利用13个产量相关性状进行聚类分析,将119份材料分为三个类群。3.GWAS分析利用53028个SNP标记对紫花苜蓿的13个产量相关性状进行关联分析,在P≤0.0001水平上共检测到1268个SNP位点,解释表型变异(R~2)范围15.11-88.80%,R~2值最高的位点为SNP146564-c1-g3-i1(SDW-E3),最低为SNP139985-c0-g4-i1(LW-E3)。其中,检测到株高15个SNP位点,主茎枝条数134个SNP位点,根茎分枝数11个SNP位点,鲜草产量81个SNP位点,干草产量38个SNP位点,叶片数28个SNP位点。检测到185个稳定关联位点,R~2范围为15.11-70.71%,其中,检测到主茎枝条数19个稳定关联位点,根茎分枝数1个稳定关联位点,鲜草产量1个稳定关联位点,干草产量2个稳定关联位点,叶片数1个稳定关联位点。检测到32个多效性SNP,R~2范围为17.68-65.66%,均值为30.95%。SNP143687-c15-g19-i2与5个性状(NMSB、DFR、FY、LL、LW)显著关联,9个多效性SNP与4个性状显著关联,21个多效性SNP与3个性状显著关联。