为了正确适用《公司法》，更有效的解决实践中的问题，最高人民法院结合审判实践于2011年出台了《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》（以下简称“公司法司法解释（三）”），该解释就公司的设立、出资、股权转让等问题作了进一步的规定，特别是引进了《物权法》中的善意取得制度，用立法的形式将股权善意取得制度规定了下来。时至今日，股权善意取得制度已经实行两年多，对解决股权转让中的无权处分、“一股二卖”等问题的纠纷发挥了重要作用，但是公司法司法解释（三）规定“可以参照物权法第106条的规定处理”，在这种简单的“参照”下，出现了很多问题。股权作为一种独立的权利类型，它既包含了财产权的内容又包含了人身权的内容，是一种有别于物权的一种特殊权利，股权转让与物权转让也存在着根本的差异，由此决定了股权的善意取得有其本身的特点。在这种直接援用的情况下，难以判断股权将如何“善意取得”，简单的适用也会造成对公司人合性的破坏，损害公司的稳定和长远利益。（本文主要探讨股权的对外转让，即股东将其股权转让给现有股东以外的其它投资者）如此出现问题就在所难免了。透过这几年的实践案例，笔者认为，在考虑完善股权善意取得的具体规定之前，先得从理论上认识股权如何善意取得；兼顾股权转让的特性以及公司的人合性下，以利益衡平理念为视角解决股权善意取得中的根本性的问题，如股权的变动模式、“善意”的判断标准等，以期善意取得制度能够在股权转让中得以正确适用，使纠纷得到公正、妥善地解决。本文的主体分三个部分展开，除引言和结论外，正文部分有以下几个方面。第一章介绍股权善意取得的理论基础和制度的确立。通过对商事外观主义的理论阐述，得知股权善意取得制度与物权善意取得具有一定的同根性。接着分析股权适用善意取得制度下与物权善意取得的不同之处，得出股权善意取得不能简单地参考物权善意取得的规定。第二章分析股权善意取得在“参照”物权之规定下存在的问题。通过对问题的分析，引出下文要探讨的股权变动模式为何、“善意”的判断等。在没有明确规定的情况下导致了股权善意取得制度适用上的困境。第三章通过以上两章的论述，本章着重针对上述问题提出股权善意取得制度的完善建议。主要是围绕几个根本性的问题，包括确定股权变动模式；明确规定股权善意取得中“善意”的判断标准、善意的判断时点；适用的一些具体情形等，以利益衡平理念为视角，兼顾善意第三人的利益与公司的权益，以寻找平衡各方利益更合理的解决思路，提出完善建议，以便更好地指导司法实践。最后的结论是对全文的总结。