该文从中医学术发展史的宏观视角对理学的影响进行了考察,并以中医学术发展中的一些重要事件为线索,以理学的主流学派程朱一系为主要参造系,从文化生态和儒医文化心理结构分析了理学影响医学发展的内在必然性;分析了"格物致知"方法论对医学研究的影响;同时具体、重点分析了理学对金元时代及明代医学的影响.研究表明,宋以后,中国医学学术理论的发展在很大程度上就是理学与临床实践结合的产物.理学"格物穷理"所包涵的理性精神,促进了医学的探索,推动了医学界理论的创新,开创出金元医学分立门户、理论"全面更新"的崭新局面.理学以"太极"为核心的关于宇宙的观念体系及其概念范畴全面渗入医学,使医学理论对人体脏腑功能和阴阳关系的认识达到了一个新的高度,"命门学说"的完善,形成了"形而上"的功能控制枢纽的新概念.理学对"仁"从本体意义的新阐释,强调"生"的宇宙意义和人是"自然之人"与"伦理之人"的统一.这些观念使医学更加重视人的内在生机、注重以整体的眼光观察人,并造就了以朱丹溪为代表的,以理学心欲观为指导的养生理论.理学对医学理论的渗入,强化和突显了中国医学理论"形而上"的理论气质.最后,该文认为,认清中国医学理论"形而上"的理论气质,对今后中医学术理论的发展将提供十分有益的启示.