改革开放后，我国农产品产量大幅增长，进入了“总量平衡、丰年有余”的市场状态。随着部分农产品买方市场的出现，农产品流通成为我国农业发展的“瓶颈”。金融危机的爆发以及农产品终端环节的不断加价，使得2010年农产品终端价格在国内外众多因素的共同作用下迅速上涨，最终促使“农超对接”这一链条最短、流通主体最少的农产品流通模式能够有效降低农产品流通成本，提高农产品流通效率，从而拉升农产品收购价格，压低农产品终端销售价格，惠及城市消费者和农村生产者。2008年开展的“农超对接”模式试点工作，其制度设计体现了明显的“超市主导”和“稳定链条”特点。这就导致在实现“压缩成本”目标的同时，“两头受益”目标存在“超市降价动力不足”和“合作社提价能力不足”两大现实困境。　　本文通过选取山东、山西和浙江三省多个具有代表性的典型案例作为分析对象，通过案例复制比较分析的方法论述了博弈双方市场主体地位、产品属性及主体间利益联结关系等三方面因素对于产业链条利益合理化分配的影响。本文努力尝试回答如下两个问题:当前“农超对接”模式下，为什么超市主体参与动力明显不足，其内在原因是什么？当前“农超对接”模式下，哪些因素会导致在合作过程中剩余利益过度向市场垄断一方流动？决定博弈双方利益分配话语权的机制是什么？　　本文通过文献回顾和理论推演，提出三个研究假说。在论述过程中先后选取无公害鸡蛋、有机蓝莓、绿色蔬菜、灵芝食用菌等4个农产品专业合作社作为实证案例进行详细研究。根据选取案例自身特征，本研究共遴选超市与合作社之间影响利益分配机制的三个主要因素，即博弈双方市场地位关系、合作社产品属性差异以及博弈双方利益联结机制;通过案例之间的复制对比分析，最终验证了本文三个研究假说。最终得出如下结论:提升专业合作社的组织化程度、保证博弈双方市场主体地位平等，打破超市在市场竞争过程中的寡头垄断地位，增强超市之间竞争程度，防止超市形成垄断空间能够有效的促进剩余利益在博弈双方之间的合理分配;通过补贴合作社建设冷库，从而确立“农超对接”过程中“合作社主导”地位，以此提升农民专业合作社的市场主体地位，加大其价格制定话语权。同时，推进农民专业合作社与超市建立发展深入合作机制，尝试以要素契约为核心的紧密利益联结机制来连接整个流通环节。通过这一些列政策措施，使得节约流通成本形成的剩余利润能够在博弈主体之间得到合理分配，最终实现“农超对接”模式“减低流通成本”、“实现两头受益”双重政策目的。　　最后，在分析基础上，本文提出如何确保“农超对接”剩余利益在博弈主体间进行合理化分配的原则和政策建议，即要进一步培育其与超市对等的市场主体地位;进一步加大农民专业合作社产品品牌和知名度以及建立和完善以要素契约为主的紧密利益联结机制，从根本上提升农户和专业合作社在与超市进行价格谈判过程中的地位。