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目的：探讨2013-2015年贵阳地区手足口病患儿中肠道病毒71型(EV71)的流行趋势及VP1、VP4基因序列特征；从而为该病的防治提供一定的有效信息。 方法:对来自2013-2015年手足口病患儿的220例EV71阳性临床样本进行VP1、VP4全序列的逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增测序，并与美国国立生物技术信息中心公布的EV71 A、B、C基因型代表株进行核酸系统进化树分析，以及核苷酸同源性分析和氨基酸比对分析。 结果：进化树显示220例EV71 VP1与VP4均与C4标准株成簇，并且220例样本之间EV71的VP1片段核苷酸及氨基酸一致性分别为97.77％和99.63%，VP4片段核苷酸及氨基酸一致性分别为97.72%和99.93%，样本EV71 VP1及VP4核苷酸序列均与GenBank C基因型标准株接近，VP1核苷酸同源性为86.98%～98.09%，VP4核苷酸同源性为84.06%～99.03%，其中与2008年北京市的EV71流行株(C4亚型)VPl区核苷酸同源性为96.86%-98.09%，VP4为94.21-99.03％，同时。氨基酸变异方面与2008年中国大陆流行毒株相比，EV71的VP1片段氨基酸序列主要发生了以下变异，22位组氨酸（H）22/220变异为谷氨酰胺（Q），145位谷氨酸（E）13/220变异为甘氨酸（G），145位谷氨酸（E）13/220变异为谷氨酰胺（Q），283位丝氨酸（S）15/220变异为苏氨酸（T），289位丙氨酸（A）47/220变异为苏氨酸（T），293位丙氨酸（A）18/220变异为丝氨酸（S），EV71的VP4片段氨基酸序列发生H13Y、E14Q、E14K、A19G、I25M、S45R、Q48L、D51H、K52R、D59N、K69N等突变，突变率均为1/220。 结论：2013-2015年贵阳地区手足口病患儿中的EV71流行株均属C基因型的C4亚型；VP1片段氨基酸存在较多突变，但是未发现文献报道的重症突变，VP4片段氨基酸较保守。