经过多年快速发展，珠三角地区目前正面临着跨界冲突及区域协调的严峻挑战，区域发展的种种重大问题、冲突和矛盾在“行政区-跨界冲突-区域协调”这一主题下交织与渗透，使跨界的稳定机制、协调机制和创新机制变得极为重要。对跨界的冲突、磨擦、竞争、合作的应对与处理，引出地方政府、市场经济单元与民间组织等多重行为主体在机构设置和功能改革上的挑战，这就迫切需要我们重新审视已有的制度安排与策略选择，以有效解决地方政府、市场经济单元与民间组织等多重行为主体之间的跨界利益冲突与协调问题，从而实现珠三角的全面、协调与可持续发展。 研究表明：首先，珠三角地区跨界冲突中显性冲突与隐性冲突是同时存在的，显性冲突是隐性冲突的外在表现，隐性冲突则是显性冲突的内在原因。其次，珠三角地区跨界冲突与协调中始终贯穿着市场、政府和文化等三种力量，分别构成跨界冲突形成机制与跨界协调动力机制，从而共同组成跨界冲突-协调机制系统。再次，与珠三角地区特殊的地理基础、体制环境、经济发展水平与社会习俗等因素相对应，珠三角地区跨界冲突-协调存在相邻空间协调、非相邻空间协调和多维空间协调等三种地域空间模式，以及行政区划调整、空间规划引导、项目合作推动、契约治理协调和文化认同强化等五种运作模式。最后，珠三角地区跨界冲突一协调存在以下几个特点：问题导向下跨界冲突一协调的被动性；目标导向下跨界冲突一协调的有限性；制度安排上政府部门为主导，社会力量较弱，公众参与不足；策略选择上以行政和财政手段为主，市场经济手段为辅；协调结果侧重物质性目标，非物质性目标考虑不足。