随着我国高等教育的发展，20世纪90年代，高等教育的模式由精英化向大众化转变，而高等教育管理模式也由一成不变的中央政府统一管理转变为中央政府地方省级政府两级协调管理，并逐步形成地方省级政府为主，中央政府为辅的新的管理体制。长期以来，中央政府把持着高等教育的管理与发展，随着高等教育管理体制的转变，我国高等教育的规模得到了前所未有的发展扩大。中央的部分院校划拨为地方省级政府管理，转变为地方院校后，地方高等院校成为高等教育发展的主要力量，与此同时加大了省级政府对高等教育投资的财政压力。模式的转变，教育的扩招使得地方政府教育财政投入负担加重，而区域经济的不均衡性很大程度的影响了地方政府高等教育投资的差异性。不同区域的发展水平对地方政府高等教育的投入起着决定性的影响。本文以地方高等院校为研究对象，从时间时间序列和空间序列两个不同纬度为基本点，通过国家统计局《中国教育经费统计年鉴》、《中国统计年鉴》公布的历年来预算内教育经费，各省区GDP收入，各省区财政收入，每十万人口在校生人数，各区域地方高等学校在校生人数等数据，通过EXCEL和SPSS统计软件进行差异性分析，相关分析和回归分析。得到全面的分析并掌握地方政府高等教育投资区域差异情况。通过分析各省区地方普通高等教育投资差异的影响因素，找出地方高等教育投资存在的相关问题，进而为地方政府高等教育的均衡性发展提出针对性的建议。