我国商业银行近几年来发展迅速,资产规模和利润增长幅度较大。然而,这种过度依赖传统的存贷利差来扩张规模的盈利模式导致了我国商业银行存在巨大的资本缺口,诸多银行面临着“资本硬约束”带来的矛盾。我国中小股份制商业银行是我国银行业不可或缺的一支重要的力量,在治理机制、经营绩效、资产质量等方面优于国有商业银行。本文从资本结构理论出发,探讨了商业银行资本结构对经营效率产生影响的作用机理,即商业银行的资本结构通过直接影响银行的经营绩效或通过影响治理结构,由治理结构对银行的经营绩效产生影响,进而资本结构对银行的经营绩效产生间接作用来对银行的经营绩效产生间接影响。其中,效率是经营绩效的集中体现。本文认为学界上普遍所采用的财务指标来衡量绩效比较片面,因此采用DEA方法得出的效率值来代替。在此原理之上,本文首先采用DEA方法对我国四大国有商业银行和十家全国性股份制商业银行2002-2009年的数据进行了效率测度,实证结果显示股份制商业银行的效率平均高于国有四大商业银行,通过对所测度的效率进行分解得出两者的差异主要是由规模效率的差异引起的结论。再者,将前文所测得的效率值作为被解释变量,资本结构的各类代理变量以及效率的一些影响因素为解释变量做多元线性回归分析,得到如下结论:股权变量指标中第一大股东持股比例、股权制衡度与效率呈正相关关系,前十大股东持股比例、股权集中度与效率呈负相关关系,风险变量指标中核心资本充足率与效率呈正相关关系,表示资本结构关系的变量指标即附属资本所占资本净额比例与效率呈较弱的正相关关系。最后,根据回归结论提出如下建议:规范股权设置,完善公司治理;多元化发展附属资本扩充方式,优化资本管理;建立资本市场机制,实现经营战略转型等对策使之持续健康稳步发展。