20世纪80年代，农民专业合作经济组织在我国兴起并迅速发展。对于农民来说，这种“新型”农村合作经济组织有利于提高农民的谈判能力，提升农民的经济地位，增加农民的收入；对于农业来说，新型农村合作经济组织有助于创新农业科技推广体制，提高农产品的科技含量和竞争力，促进农业的产业化经营。总体来看，在市场经济、农业产业化、经济全球化的时代背景下，我国的新型农村合作经济组织的对于解决“小农户”和“大市场”的矛盾有很好的作用。虽然我国新型农村合作经济组织所能发挥的作用被给予了厚望，但由于我国的新型农村合作经济组织尚处于发展的初级阶段，在很多方面都显示出了不完善之处。单看我国新型农村合作经济组织的治理结构就可以发现一些问题：在内部治理结构方面，我国新型农村合作经济组织存在产权边界模糊、决策机制不合理、经营机制低效、监督机制形同虚设、激励机制的激励作用有限、分配机制不合理等问题；而在外部治理结构上，我国新型农村合作经济组织又存在法律地位不明确、政府支持力度不够、外部融资渠道短缺等问题。我国新型农村合作经济组织在其治理结构方面所显示的这些缺陷在很大程度上阻碍了其作用的发挥。所以，如果能解决或者缓解我国新型农村合作经济组织在治理结构方面存在的问题，无疑将会为我国新型农村合作经济组织创造更大的发展空间。本文致力于研究我国新型农村合作经济组织的治理结构，从内部治理结构和外部治理结构两个方面深入剖析我国新型农村合作经济组织治理结构存在的问题。此外，在委托代理理论、利益相关者理论和产权理论的指导下，在借鉴发达国家合作社治理结构的基础上，针对我国新型农村合作经济组织内部治理结构和外部治理结构存在的问题，分别提出优化我国新型农村合作经济组织内部治理结构和外部治理结构的措施。本论文共由5章组成。第1章绪论。本章主要介绍本文的研究背景，研究目的和意义，国内外研究现状，研究思路与方法，可能的创新之处与不足之处。第2章相关概念和理论基础。本章将首先界定新型农村合作经济组织的概念，之后介绍我国新型农村合作经济组织的类型、特点和功能，接着，阐释本论文的理论基础：委托代理理论，利益相关者理论和产权理论。第3章我国新型农村合作经济组织治理结构存在的问题。本章将从内部治理结构和外部治理结构两大方面，挖掘我国新型农村合作经济组织存在的深层次问题，认为新型农村合作经济组织在内部治理结构上存在产权不清晰、决策机制不合理、经营机制低效、监督机制形同虚设、激励机制的激励作用有限、分配机制不合理等问题；在外部治理结构上，存在法律地位不明确、政府支持力度不够、外部融资渠道短缺等问题。第4章国外农村经济合作经济组织治理结构及借鉴。本章将介绍德国、日本和美国的合作社的内部治理结构和外部治理结构，并分析可借鉴之处。第5章完善我国新型农村合作经济组织治理结构的措施。本章从产权关系、决策机制、经营机制、监督机制、激励机制、分配机制等几方面提出优化我国新型农村合作经济组织内部治理结构的措施；从立法、政府职能定位、财税金融支持等外部制度供给方面提出优化我国新型农村合作经济组织外部治理结构的措施。