明末天主教第三次来华传教,以利玛窦为首的耶稣会士采取“补儒易佛”之传教策略,不仅吸引了众多仕人皈依天主教,而且亦开启了与佛教的对话。杨廷筠成为第一批皈信天主教的教徒,他奋力投身护教、宣教事业,与徐光启、李之藻并称为天主教三柱石,但是杨廷筠在皈依天主教之前是一名佛门居士,同时他也一位受儒家文化浸润的儒者。杨廷筠复杂而又颇为传奇的个人经历,是学界一直对其研究的兴趣所在；杨廷筠究竟为何种身份,杨廷筠思想在中国思想史当中应当怎样定位,亦一直是学界所讨论的问题。本文以晚明佛耶对话为背景,试图通过对杨廷筠个人经历、思想历程的梳理,对改宗天主教之后的杨廷筠思想进行研究,以期对杨廷筠思想之新的理解与解释。主要从杨廷筠改宗天主教之后所写的护教论著《天释明辨》、《代疑篇》、《代疑续篇》着手,以佛耶对话为轴线,拣选佛耶二教都有或类似的重要概念进行辨析,如耶教的天主与佛教的佛,佛耶二教的元素论,灵魂说,天堂、地狱说。杨廷筠的护教著作表现了其对天主教信仰的虔诚,但是却掀起了明末佛耶对话的高潮。佛门对于杨廷筠给予积极回应,对其进行直接点名批判抑或间接影射,主要以从释行元和密云圆悟大师这两位佛教徒为范例,探讨佛门对于杨廷筠或对耶教的回应,从佛教的角度来研究佛耶对话。杨廷筠排佛也好,佛门辟天也罢,他们在对话的过程当中无法跳出自己的理论体系,并且都试图将对方的概念纳入自己的教义体系,从而论证对方的不合理。但是在佛耶二教在这种“自说自话”甚至是“对骂”的过程当中,佛耶二教的相同、相异之处更清楚、详实地向我们显现,所以这种看似混乱的、缺乏理性的对话确是佛耶二教相互发明的途径,而“真知”、“真理”往往就在这种过程当中显现。这也给我们当代的文明冲突、文明对话带来些许启示。