改革开放以来,经济责任审计和绩效审计经历20多年的发展历程,财政资金绩效审计概念提出比较早,但是在我国发展时间较晚,而部长经济责任审计发展迅速,在审计实践中广泛应用。党的十八届四中全会提出:要完善审计制度,对领导干部履行经济责任情况实行审计全覆盖。新时期要实现国家治理能力和治理体系现代化目标,就必须树立科学的审计理念,必须创新建立部长经济责任审计和财政资金绩效审计新模式。因而,开展部长经济责任审计中财政资金绩效审计要以部长经济责任审计为牵引,一方面将财政资金绩效审计作为评价部长经济责任的依据,以资金使用效果定部长经济责任,防止片面以问题定经济责任,另一方面部长经济责任审计可以引起部长本人足够重视,深化财政资金绩效审计,促使部长任职期间更好的履行职责,发挥财政资金的使用效益,为建立法治国家贡献力量。本文依据国内外财政资金绩效审计理论,以部长经济责任审计内容为框架,将财政资金绩效审计运用到具体方面,将部长经济责任审计和财政资金绩效审计结合起来,提出加强部长经济责任审计中财政资金绩效审计的建议。