应用非损伤性遗传样本通过微卫星及聚合酶链式反应(PCR)进行遗传学分析是现代野生动物管理与保护中常用的技术手段。然而,这种分析方法因非损伤样品DNA质量差而存在着风险。一、本研究通过10只圈养东北虎血液和粪便DNA对比,对12个已用于东北虎野外研究的微卫星位点进行基因型分型风险评估。应用血液样品DNA与粪便DNA之间的基因型分型累计匹配率(Rm),来衡量非损伤性遗传样本微卫星基因型分型的潜在风险。研究结果表明:1)由于所处染色体和片段长度的差异,不同微卫星位点有不同的分型风险,获得稳定基因型需要不同的PCR重复次数,检测到的基因型分型错误影响了种群遗传学的后续分析;2)为了获得准确的基因型,在将粪便DNA应用于微卫星分析之前,应使用组织或血液等含高质量DNA样本作为验证参考,对于不同物种的微卫星分析应做预实验以验证所选微卫星位点的可靠性,并要确保应用验证的粪便样品应接近实际调查收集到的样品质量;3)应使用基因型分型累计匹配率(Rm)可用来评估PCR重复次数和位点分型风险性,并用于个体数量评估,种群遗传结构分析等。二、选用效果较好的10个微卫星位点对收集到的58份疑似野生东北虎遗传样本进行分析,研究结果表明:1)成功提取58份样品基因组DNA,使用虎物种特异性引物对58份疑似东北虎样品进行筛选,认定其中50份样品来自东北虎;2)10个微卫星位点进行根据实验要求进行独立重复PCR,所有位点均成功扩增。从50份样品中鉴别出20只东北虎个体(累计个体排除率99.9%),其中雌虎3只,雄虎1 1只,未知性别个体6只;3)共检测到38个等位基因,等位基因数范围为2～7个,平均3.8个。10个位点的基因频率范围为0.0109～0.9643,观测杂合度为0.0000～0.8293,平均为0.4954;期望杂合度范围为0.0701～0.7344,平均为0.4445;多态信息含量范围为0.0665～0.6804,平均为 0.3869;4)20个个体累计非父排除率为94.21%,个体杂合度(MLH)范围为0.2～0.6,平均为0.425。野生东北虎个体间两两关系参数(LR-estimator)范围为-0.71～0.6。地理距离较远的个体112与1、4、50间的遗传距离较远,在遗传关系树图中属于两个分支;5)野外东北虎种群遗传多样性较丰富、繁殖呈随机交配,但仍发现近交、性比不合理的现象,需采取有效的种群管理措施。