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本研究采用微卫星标记为技术手段,以BMY牛、婆罗门牛(Brahman)及云南黄牛(YN cattle)3个肉牛品种(系)共计179头成年公牛为研究对象,以凝胶成像系统为平台,结合计算机软件,分析了其基因组DNA在11个微卫星位点(SPS115、INRA035、HEL1、TGLA126、TGLA53、ETH3、ETH152、BM2113、BM1824、ETH10、TGLA227)上的遗传变异,检测3个肉牛品种(系)179个个体的基因型、判断其等位基因片段大小,通过计算遗传杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、基因型频率,对其做了群体遗传结构分析,并以体尺性状作为衡量牛生长发育性状的指标,运用最小二乘线性模型,对所检测到的多态位点与生长发育性状的关系进行了分析,所得结果如下:(1)通过对3个肉牛品种(群体)11个微卫星位点进行分析,共检测到97个等位基因,平均每个位点的等位基因数为8.8个,SPS115位点在云南黄牛中观察到的等位基因数最多,为11个位点,ETH10位点在云南黄牛和婆罗门中最少,只有4个;有效等位基因数范围在2.9836～8.2026之间;多态信息含量范围在0.6176～0.8661之间,高于0.5,属于高度多态位点。(2) 11个微卫星位点在3个群体中均为高度多态位点;SPS115、BM2113和BM1824位点的等位基因数、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量在3个群体相对较高;ETH10和ETH3位点的对应值相对较低。(3)不同的微卫星标记在三个群体中的多态信息含量基本一致,11个标记均为高度多态,体现了群体丰富的遗传多样性。BMY牛的平均杂合度最高,从基因水平揭示了BMY牛在生产性能、生活力上优势的基础,很好地证明了BMY牛继承了终端父本婆罗门牛的很多优良特性,如良好的母性,高产肉性能,抗蜱,耐热性等。(4) 11个多态微卫星位点基因型对BMY牛、婆罗门牛及云南黄牛的生长发育性状效果不一。对11个多态微卫星位点部分基因型与3个群体体尺性状关系的分析表明,SPS115位点,L-(236bp)在体重、体高、体长、十字部高、腰角宽及尻长指标上显著低于其他基因型;HEL1位点,AD(114/108)基因型在多项体尺指标上高于其他基因型呈正效应;TGLA126位点,AB(122/100)基因型在多项体尺上显著高于其他基因型;TGLA227位点,BE(104/92)基因型在体重、胸围、体长、提高、腰角宽和坐骨宽上显著高于其他基因型,与部分体尺指标存在正相关效应;BM2113位点,在YN黄牛群体中存在A-(145bp)与部分体尺有一定程度的负相关趋势。