甲状腺乳头状癌是内分泌系统中发病率最高的恶性肿瘤，其发病率在近三十年内上升了三倍。体细胞遗传变异是甲状腺乳头状癌发病的决定性因素，因此鉴定癌组织的体细胞遗传变异对于甲状腺乳头状癌的精准诊断、治疗和预后至关重要。大规模的全基因组重测序和转录组测序已经鉴定出多个甲状腺乳头状癌驱动变异，然而这些研究主要是在高加索人种中开展的。考虑到癌症的驱动遗传变异具有地域和人群的异质性，在中国人群中开展甲状腺乳头状癌的遗传学研究就显得极为重要。在本研究中，我们选取了18个在甲状腺乳头状癌中频繁发生突变的基因，采用目标区域扩增子测序技术检测了355例甲状腺乳头状癌的基因点突变。针对未检测到点突变的样本，我们设计了目标区域捕获探针组，运用RNA目标区域捕获测序技术检测了甲状腺乳头状癌中的基因融合事件，并绘制了中国人群中甲状腺乳头状癌的遗传图谱。约88.7％的甲状腺乳头状癌患者能够被检测到至少一个癌症驱动变异，其中72.4％的患者发生了BRAF基因突变，2.8％的患者发生了RAS基因变异，13.8％的患者被检测到发生了基因融合事件，其中包括7个新的基因融合事件。TERT启动子区变异在甲状腺乳头状癌中可能主要以亚克隆的形式发生。通过对比分析TCGA数据库中的甲状腺乳头状癌的遗传变异数据，我们揭示了中国人群和美国人群甲状腺乳头状癌突变图谱的差异。在中国人群甲状腺乳头状癌患者中，BRAF基因突变率显著高于美国人群的数据(72.4％VS59.7％;P＜0.001)，而RAS基因（2.8％VS12.9％;P＜0.001）和TERT启动子突变频率(2.0％VS9.4％;P＜0.001)则显著低于美国人群。通过整合分析遗传变异和患者的临床病理资料，我们揭示了发生激酶基因融合的甲状腺乳头状癌患者的临床特征，包括更加年轻，肿瘤长径更大，淋巴结转移率更高。通过分析鉴定出的基因融合事件，我们发现基因融合位点并不是随机分布于RNA上，而是呈现出几个融合热点位点。为了进一步探究基因组上是否也存在导致基因融合的染色体重组热点区域，我们对这些样本进行了目标区域捕获测序来鉴定染色体重组位点，并揭示了甲状腺乳头状癌中染色体重排事件的特点。甲状腺乳头状癌中导致CCDC6-RET基因融合的染色体重组事件，重组位点在CCDC6和RET的内含子上是随机分布的，这种分布特征和白血病中的染色体重组事件的重组位点的分布是完全不同的，揭示了甲状腺乳头状癌和白血病中的基因融合发生机制有着显著的差异。我们的结果为中国人群甲状腺乳头状癌的发病机制的研究和分子诊断提供了基础的数据支撑。