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枯萎病是一种严重的土传病害,在瓜类作物上发生较为严重,该病害由镰刀菌Fusarium oxysporum引起；而夏季草坪斑枯病是发生在草坪上的一种毁灭性土传病害,由病原真菌Magnaporthe poae Landschoot Jacson引起,这之前,该病害一直被误诊为是由镰刀菌或其它几种病原菌复合侵染所导致。传统的土壤中病原菌的检测鉴别不仅耗时长,效率和灵敏度低,而且经验性强,精准性差。建立快速的病原真菌检测方法,对科技人员早期发现病害,及时采取防控措施,有效控制病害具有重要的作用。目前常用的病害防治方法有生物防治、喷施杀菌剂、培育抗病品种、诱导抗病性等手段。土壤真菌是受残留在土壤环境中的杀菌剂、杀虫剂等化学物质影响最直接的群体之因此,本文采用实时荧光定量PCR和Macroarray检测技术,定量检测微生物有机肥和杀菌剂喷施后病原菌与土壤真菌的数量关系及行为特征,这对于今后运用该方法正确鉴别和区分这两种病原真菌引起的病害具有重要的意义。本文运用SYBR Green I荧光定量PCR和Macroarray技术对微生物有机肥BIO施用后的西瓜枯萎病根际和土体土壤中Fusarium oxysporum f.sp. niveum进行了快速检测和定量。结果表明SYBR GreenⅠ荧光定量PCR和Macroarray检测技术能够快速准确的运用于病原真菌的检测。在处理N++P+(营养钵和大盆钵均加微生物有机肥料)中,根际和土体土壤中尖孢镰刀菌数量减少最为明显；根际土壤中尖孢镰刀菌数量从对照处理(N-+P-)的8.89×105个拷贝、克土减少到3.28×103个拷贝/克土,该结果与Macroarray检测结果相一致。Macroarray杂交信号的强弱(即灰度值)与土壤中尖孢镰刀菌的数量之间存在着一定的正相关关系,表现为尖孢镰刀菌的数量越多,杂交信号越强。运用DGGE和克隆文库的方法对微生物有机肥料施用后西瓜枯萎病害根际和土体土壤中真菌群落结构变化进行了研究,结果表明：施用微生物有机肥不仅能够有效防控枯萎病的发生,而且还能够调控根际土壤微生物群落结构。根际土壤真菌多样性的变化趋势表现为：处理N-+P-(营养钵和大盆钵均不加微生物有机肥料)<处理N-+P+(营养钵不加,大盆钵加微生物有机肥料)<处理N++P-(营养钵加,大盆钵不加微生物有机肥料)<处理N++P+(营养钵和大盆钵均加入微生物有机肥料BIO),土体土壤中真菌多样性变化趋势与根际土壤相似,但是根际土壤中真菌多样性高于土体土壤。Macroarray和Taqman荧光定量PCR检测技术能够快速准确的检测夏季草坪斑枯病病原菌M.poae,而且该方法对于病原菌的检测灵敏度比传统的PCR方法高100倍。通过土壤稀释分离培养、基因克隆文库、DGGE、Illumina高通量测序技术对杀菌剂嘧菌酯和氯苯嘧啶醇使用后的夏季草坪斑枯病病害土壤真菌群落多样性进行研究,结果表明：施用嘧菌酯和氯苯嘧啶醇后,根际土壤的真菌群落多样性降低,而土体土壤中的真菌群落多样性增加。施用氯苯嘧啶醇对根际土壤中真菌群落多样性影响较嘧菌酯大。施用氯苯嘧啶醇后,草坪根际土壤中的真菌减少了7个科,152个属,200个真菌种类。本实验中运用土壤稀释分离培养法分离培养了21个基因型的23种真菌,分子克隆技术鉴定了30个具有代表性的真菌,而Illumina高通量测序技术产生了1040个基因型的2631个真菌种类。Illumina高通量测序技术所提供的信息量远远高于其它几种方法。