随着工业化、城镇化进程的加快，中国的经济发展与资源环境之间的矛盾越来越尖锐，面对生态环境的日益恶化，我国政府开始在经济发展的宏观政策制定和实践中实施生态补偿，以此推动生态文明建设。生态补偿依托经济手段，将生态系统服务的保护和可持续利用协调到统一的制度框架中，从而实现科学的经济发展模式。作为生态补偿的主要组织方式之一，财政转移支付是协调各方利益的最直接的调控方式。本文以生态补偿机制的纵深理论分析为视角，努力突破传统生态补偿的定性研究范式，利用模型化和数量化的研究方法探寻生态补偿的主要影响因素，协调多方利益的财务安排方式，并以潍坊市为例进行了实证分析。本文内容共分六个部分：第一部分：绪论。主要说明了本论文的研究意义、主要研究内容、研究方法以及研究创新性，从生态补偿的内涵、类型、标准和模式综述国内外生态补偿的研究状况，并评述现有研究结果的不足，试图从区域生态补偿的范围、补偿数量和具体方式梳理出清晰的思路指导生态补偿财政体制的建立。第二部分：基于生态补偿的横向转移支付的理论依据与生态补偿动力机制。主要从生态价值理论、公共物品理论、外部性理论、卡尔多-希克斯原则和增长极理论等方面为生态补偿寻求理论依据。在循环经济的国家发展背景下，通过区域间生态补偿中的博弈分析讨论了政府、企业和公众三大主体最优决策对实施生态补偿的驱动机制影响。第三部分：生态补偿的横向转移支付的现实基础分析。生态补偿离不开财政体制和手段，因此财政体制和手段是实施生态补偿横向转移支付的现实基础，本部分对我国的财政制度对于生态补偿机制影响和生态补偿中的财政手段进行了详细分析。财政体制主要在财政预算级次和财政级次财力水平两个方面影响生态补偿机制运行，生态补偿中可以采用财政手段包括生态税、生态保证金、政府性基金、公共投资以及政府公债等形式，通过组合不同的财政手段，可以构建更加立体的生态补偿机制。第四部分：区域生态补偿中的区域功能规划。本部分在分级区划原则的基础上，结合区域内部的区域生态资源初始禀赋差异和区域宏观发展规划与产业布局等发展现状建立指标体系，通过综合评价指标提出了自主区域的功能区划方法，以此作为从财政视角建立生态补偿机制的重要依据。第五部分：区域生态补偿的标准研究。区域生态补偿标准的制定大致可以分为生态价值理论方法、市场理论方法和半市场理论方法，为了从更加客观的角度制定生态补偿标准，本部分利用生态经济学中的物质流分析方法，提出了建立区域物质流账户，根据区域间的物质代谢规模确定生态补偿的比例，进而结合生态补偿基金规模确定区域生态补偿标准的思路。第六部分：潍坊市生态补偿的横向转移支付机制研究。该部分在分析潍坊市生态补偿运行现状的基础上，提出了完善潍坊市财政结构、建立有资金保障的区域生态补偿机制的财政措施。由于生态补偿不是简单的资金援助，需要通过补偿实现区域经济发展方式的转变，因而除了财政对各方利益的保障之外，需要辅助有效的立法、城镇规划、产业布局、模式转变等一系列的措施。