炎症性肠病(inflammatory bowel disease，IBD)是一种慢性肠道炎症性疾病，能够增加结肠癌(colorectal cancer, CRC)的发病风险，有两个亚型:溃疡性结肠炎(ulcerative colitis，UC)和克罗恩病(Crohns disease，CD)。尽管高通量表达数据已经被用来区分UC，CD和CRC，但是它们在功能和分子水平，特别是转录后水平的联系还没有被很好的理解。这里，我们提出一个整合的方法来系统地研究UC，CD和CRC在功能，基因和miRNA水平的潜在联系，并进一步通过一个层次模型解释它们的纵向联系。首先，通过整合表达和功能数据集，我们识别了三种疾病共享的一些功能，包括炎症反应和防御反应等，此外，还发现UC相关的功能在CD和CRC中也频繁地被识别到。然后，我们进一步从一致的功能中提取了风险基因，并识别了显著调控风险基因的miRNAs.结果发现大部分在UC中检测到的miRNAs仍然被CD或者CRC所共享。这些结果表明UC与CD或者CRC有紧密的联系。最后，我们发现miRNAs能够通过调控相应的基因模块介导通路内和通路间的crosstalk.比如，miRNA hsa-miR-125b，hsa-miR-335和hsa-miR-155介导了三个代谢通路间的crosstalk.我们的结果对于肠道相关慢性炎症或癌症的预防和治疗具有重要意义。