基于自噬相关lncRNA的肝细胞癌预后列线图及ceRNA调控网络的构建

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:electron999
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目的:探索自噬相关lncRNA在肝细胞癌中的表达和预后意义,筛选出有预后价值的lncRNA构建风险评分系统和列线图以预测病人生存率,并通过构建ce RNA调控网络以初步预测自噬相关lncRNA在肝细胞癌和自噬中可能发挥的生物学功能。方法:利用生物信息学方法从TCGA数据库获得了肝细胞癌病人的RNA表达数据、生存信息、临床特征等信息,从HADb网站下载自噬相关基因列表。通过差异表达分析和共表达分析,初步鉴定出差异表达的自噬相关lncRNA。利用Cox回归生存分析和LASSO分析筛选影响预后的自噬相关lncRNA,并构建预后风险评分系统。通过Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线评价其预测能力,研究风险评分与不同临床特征之间的相关性。将影响肝癌病人预后的因素纳入到列线图的构建,以预测肝癌病人的1年、3年生存率,通过一致性指数、校正曲线和ROC曲线来评价列线图预测结果的准确性和可靠性。基于自噬相关lncRNA在Starbase数据库中预测lncRNA-mi RNA-m RNA之间的靶向关系,由此构建出ce RNA调控网络。结果:1.通过差异表达分析和共表达分析鉴定出一组在肝癌中差异表达的自噬相关lncRNA(DEARlncRNA)。筛选有预后价值的DEARlncRNA构建出了一个由7个lncRNA组成的预后风险评分系统。该风险评分是肝癌病人预后的独立危险因素,风险评分与病理分级和TNM分期显著相关,随着分级和分期升高而增加,且评分越高预后越差;2.用风险评分和TNM分期构建预后列线图,可以方便而准确地预测肝癌病人的1年、3年生存概率;3.基于风险评分的7个有重要预后价值的自噬lncRNA构建出了由4个DEARlncRNA,8个DEmi RNA和15个DEARG组成的ce RNA调控网络。结论:1.基于自噬相关lncRNA在肝细胞癌中构建出了预后预测的列线图,可以准确而可靠地预测病人1年、3年生存率;2.基于自噬相关lncRNA在肝细胞癌构建出了由4个lncRNA,8个mi RNA和15个m RNA组成的ce RNA调控网络,具有重要的研究价值。
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