表达谱芯片筛选HPV相关宫颈癌甲基化沉默抑癌基因研究

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高危型人乳头瘤病毒(high-risk human papillomavirus, HR-HPV)持续感染是宫颈癌发生发展的重要原因。宫颈癌的发生是一个多因素参与、多基因异常的复杂过程,其中抑癌基因失活发挥着重要的作用。DNA甲基化是表观遗传学重要的调节机制之一,抑癌基因启动子高甲基化被认为是除基因突变和缺失以外造成抑癌基因失活的主要原因。目的:筛选HPV阳性宫颈癌细胞系中由于HPV感染诱导沉默的特异抑癌基因,探讨HPV感染可能导致抑癌基因发生甲基化的机制。方法:选取HPV阳性宫颈癌细胞系(HeLa和Caski)和HPV阴性宫颈癌细胞系(C-33A和HT-3),分别用去甲基化药物5-氮杂-2’-脱氧胞苷(5-Aza-CdR, Aza)处理,提取细胞总RNA,然后采用Agilent人类全基因组表达谱芯片检测Aza处理前后基因的表达水平,实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR, qRT-PCR)验证芯片结果,亚硫酸氢盐-基因组测序法(BGS)检测目的基因甲基化水平。结果:①芯片结果显示,HPV阳性和阴性细胞系之间显著差异表达的基因为721条。②用药后表达显著上调的基因:HeLa细胞系825条,Caski细胞系815条,C-33A细胞系1531条,HT-3细胞系1855条。两种阳性细胞系(HeLa和Caski)共表达上调的基因为182条,去除阴性细胞系表达上调基因,筛选出阳性细胞系HPV相关表达上调基因97条,并与阴性和阳性细胞系之间差异表达显著的基因比较,最终筛选出13条差异表达基因,其中具有功能者7条。③qRT-PCR结果显示,筛选基因在宫颈癌细胞系中的表达与芯片检测结果一致;BGS检测脂质小滴蛋5基因(PLIN5)结果显示,HPV阳性宫颈癌细胞系中甲基化频率明显高于阴性细胞系,支持芯片结果。结论:本研究筛选出7条新的潜在的抑癌基因,这些抑癌基因可能由于HPV感染诱导发生甲基化而沉默,为进一步探讨HPV诱导抑癌基因发生甲基化的机制提供实验基础。
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