阿特拉津降解菌Arthrobacter sp. DNS10全基因组生物信息学分析

来源 :东北农业大学 | 被引量 : 7次 | 上传用户:asdfghjkc
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本研究以分离自我国黑龙江省具有多年阿特拉津施用历史玉米大田表层土壤(0-10cm)的阿特拉津高效降解菌Arthrobacter sp.DNS10为研究对象,运用Illumina Hiseq2000平台对供试菌株的全基因组序列进行测序,获得了697,000,000bp数据。使用SOAP denovo短序列组装软件对测得的Clean Data(除去了接头及低质量序列的数据)进行组装,共得到5,837,130bp(GC含量52.06%)序列,预测全基因组大小约为为6,030,000bp。基因组组分分析后发现,供试菌株DNS10的基因组序列共含有5,674个基因,总长度为5,053,653bp,平均长度891bp,占基因组全长的86.58%。组装后,通过GC-Depth分析测序中的GC偏向性,结果显示峰值大于50%。基因组组分分析后,得到的基因CDS序列再采用KEGG、GO、COG、Nr和SwissProt等数据库对所得的基因进行功能分类与注释,不同数据库分类得到的基因数、分类有所区别,但都共同阐释了基因生物功能。由代谢通路可将各类基因归结为有机系统、新陈代谢、遗传信息处理、细胞过程和人类疾病相关路径,本文重点分析了菌株遗传信息处理中的DNA复制通路和新陈代谢的中能量代谢通路的主导基因。菌株Arthrobacter sp.DNS10注释到了较为完整的DNA复制路径,揭示了原核生物DNA复制主要过程所需蛋白,本菌株均注释到,这使得本菌株可以在环境中稳定的遗传、生存。本菌株是以阿特拉津为专性氮源的降解菌,因此,在对基因进行注释的工作的时候并未发现与固氮相关的基因。本菌株有较为完整的生物固碳作用的途径,用以维系菌株正常的生理功能。作为节杆菌属成员,本菌株严格遵守化能异养,有着较为丰富的碳源谱,除葡萄糖的糖酵解/糖异生途径外。本菌株还注释到了氨基糖和核苷酸糖代谢、半乳糖代谢、淀粉和蔗糖代谢、果糖和甘露糖代谢有关的基因。菌株Arthrobacter sp.DNS10有着较为完整的三羧酸循环、氧化磷酸化、脂肪酸代谢与合成与磷酸转移酶系统,这些代谢路径可以提供自身大量的能量,维持菌株正常的生理活动,以及繁殖的过程,有着重要的生物学意义。我们的研究采用阿特拉津高效降解菌DNS10为研究对象,借助TA克隆技术,成功得到上述三个降解基因的全功能序列,基因序列相似性分解结果表明:菌株DNS10所携带的trzN、atzB和与atzC与中上述基因相似性高达99%。Arthrobacter aurescens TC1plasmid TC1。通过ORF finder, SOPMA, SWISS-MODEL等在线分析软件,对上述三种降解基因的结果和功能进行生物信息学分析,三个功能基因编码的氨基酸与其他已报道的阿特拉津降解菌株的比较,三个功能基因编码的氨基酸有着较基因序列更为高的保守性,其编码的蛋白质属于TRZ/ATZ家族和金属水解酶家族,但同时他们之间有一定的蛋白质家族方面的差异。
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