习近平总书记在十九大报告中提出:“科技创新是提高社会生产力和综合国力的战略支撑”。科技创新的外部性、准公共物品性和不确定性决定了科技创新活动的高风险性。政府通过财政补贴、税收优惠等一系列政策保障措施,降低创新活动风险,激励创新主体的创新积极性,推动企业科技创新能力的提升。然而,在我国财税资源总额有限的情况下,持续保持财政科技投入的高水平增长难以为继。如何通过有限的财税政策支持实现高效、快速的企业创新发展至关重要。本文以中小板上市公司为研究对象,基于2007-2015年深交所中小板上市公司数据,梳理其创新投入、产出基本情况,利用考虑非期望产出的SBM模型对其创新绩效进行测评,探讨财税政策支持方式对创新绩效的激励效果。研究发现,第一,企业申请的专利有50%左右在申请后截止到数据统计年度均得不到授权,研发失败程度较高。相较于非发明专利,发明专利的研发失败程度更高。第二,2007-2015年间,中小板上市公司创新绩效均值为0.6071,有很大上升空间。此外,中小板上市公司创新绩效存在着明显的地域差异,处于南部以及东部沿海地区的企业创新绩效明显较高。但中小板上市公司之间创新绩效差异不大,创新改善潜力差异较大。第三,政府研发补贴、税收优惠与企业创新绩效之间都存在倒“U”型关系,两者均存在政策最优支持力度使得企业的创新绩效最高。除此之外,本文在财税资源分配总额有限的基础上,以最小化期望产出减少值、最大化投入减少值为目标,构建考虑非期望产出的财税资源配置模型,给出财税资源支持企业创新的最优配置方案,并对财税资源配置模型的有效性进行检验。研究发现,我国中小板企业创新投入冗余情况比较严重,有70%左右的企业都可以通过不同幅度减少其投入来达到更优的财税资源配置状态。本文提出的财税资源配置模型提高了企业创新绩效,降低了资源错配程度,且与现实产业政策高度吻合。此外,产业政策的不连续性可以提高企业的危机意识,进一步提高企业创新绩效。最后,本文对城市行政级别、股权性质对财税资源从分配、使用到优化配置的整体过程进行系统性分析。研究发现,从财税资源分配角度来看,企业位于行政级别高的城市或企业为国有企业时,企业获得的政府研发补贴越多。从财税资源使用角度来看,企业位于行政级别高的城市或企业为国有企业时,企业非期望产出越高,但城市行政级别、股权性质与期望产出以及创新绩效之间没有显著相关关系。从财税资源优化配置角度来看,企业位于行政级别高的城市或企业为国有企业时,政府研发补贴改善能力越高。综上所述,本文以极具创新活力的中小板上市公司为研究主体,深入分析了其创新过程,提出了资源总额有限条件下财税资源的最优配置方案。研究结论在一定程度上推动了资源配置模型在我国财税资源最优配置方面的应用,拓展了宏观财税政策、产业政策与微观企业行为的研究,为我国财税政策、产业政策的制定,政府部门相关政策制定者有针对性地甄选研发资助对象进而提高财税资源的资助效果以及企业的创新管理提供决策参考。