通过研究已经发现兴义矮脚鸡在孵化的48—72小时期间胚胎出现规律性死亡的现象，并且证明了这一性状是由一对等位基因Cp—cp基因所控制，而且该基因显性纯合致死。本论文采用双向电泳技术，运用蛋白质组学原理以及“竭泽法”和“功能法”两种研究策略，对兴义矮脚鸡胚胎在早期发育阶段的这一现象进行了初步的研究，探讨Cp基因对兴义矮脚鸡早期胚胎发育的影响。实验结果如下：　　1.在对兴义矮脚鸡早期同期发育的死亡胚胎和正常胚胎提取蛋白质组并进行蛋白质含量的测定时发现：兴义矮脚鸡正常发育胚胎与死亡胚胎组织在蛋白质含量方面存在着差异，针对这一现象，随机测定了在同样条件下处理的12个正常胚胎和12个死亡胚胎的蛋白质含量，结果发现，正常发育胚胎要比死亡胚胎的蛋白质含量丰富。经统计学T检验呈显著差异。　　2.利用双向电泳技术对同期孵化60小时的兴义矮脚鸡胚胎组织进行了蛋白质组分离，利用分析处理软件Imagemaster5.5对双向电泳蛋白质图谱进行了分析，研究发现，兴义矮脚鸡活胚与死胚的双向电泳蛋白质图谱中存在差异蛋白质点共41个。其中有25个蛋白质点在活胚中比在死胚中的蛋白质丰富;16个点在死胚中的蛋白质比活胚中的丰富。并且分析出了这些差异点的分子量以及蛋白表达差异倍数。