公租房作为保障性住房体系的主体，自2010年以来，我国政府就相继出台一系列政策强调其发展，其中2015年更是明确提出采用PPP模式建设公租房这一新思路解决其融资难题。然而由于公租房其准公共产品属性，租金价格往往受到政府管制，未来收益很难覆盖所有投资成本。因此政府补偿成为提高社会资本参与热情的核心要素，也是PPP模式优势施展的重要保障。但若政府一味地选择高额补贴，又将受制于财政压力无法实施。且社会资本在满足投资回报后，其服务质量和运营效率能否满足公众需求，保证项目可持续运作，也是亟待解决的问题。所以，构建科学合理的公租房PPP项目政府补偿机制十分必要。
　　本文首先通过对国内外PPP模式、公租房及补偿机制的相关政策及文献的研究梳理，明确PPP模式下公租房项目特性，对公租房PPP项目补偿机制进行定义，并结合我国土地使用权获取政策、PPP项目产权配置及补偿机制基础理论提出契合新型市场化的公租房PPP项目运作新模式，论述其补偿影响因素及付费机制，为后续政府绩效激励及产权补偿的开展奠定基础，接着分析总结公租房项目现行补偿方式不足之处，明确构建公租房PPP项目补偿机制的必要性，并从补偿目标与原则、补偿主客体和补偿思路四方面设计其补偿实施路径。
　　然后以政府补偿为研究视点，根据风险与收益对等原理，使用加权平均资本成本(WACC)法得到合理投资收益率，并基于此构建公租房PPP项目基准补偿模型，调动社会资本参与积极性；接着将政府补偿分为固定补偿和可变补偿两部分，明确分配系数，从社会资本、政府及社会公众三方利益诉求考虑，建立基于社会资本绩效评价的动态补偿激励调整机制，增强政府与公众的监督，并与标准绩效比较，实施奖惩，提高社会资本运营效率与服务水平；同时引入产权补偿机制，通过对运营期结束后政府补偿时涉及的关键风险量化分析，调整特许期结束后一次补偿额，实现双方利益共享、风险分担，并明确产权补偿实现途径，即政府采用土地资产作价入股的方式注入公租房PPP项目公司，与社会资本共同持股，增强自身控制力，并对项目采用持有加销售模式，缓解自身财政压力。
　　最后将公租房PPP项目政府补偿机制运用于实际案例中，验证了其具有较高的科学性与可行性，并对公租房PPP项目补偿合同设计、成效反馈管理、绩效监管主体及收入业务拓展提出实施性建议。科学合理的补偿机制保证了政府、社会资本和社会公众三方共赢，维持了公租房PPP项目的可持续健康发展。