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海鞘是目前国际上发现天然产物最多的海洋动物之一，海鞘底栖滤食的特性使其体内富集了大量的微生物，从海鞘中分离微生物将是获得和应用海洋微生物资源的一条重要途径。威海海域海鞘资源丰富，不同种类海鞘来源的天然产物和海洋微生物有很大的差别，因此对威海海域海鞘及其微生物资源进行系统的开发和利用是发现新天然产物的有利途径。本研究采用纯培养法对从山东省威海海域采集的菊海鞘、柄海鞘和玻璃海鞘样品中的细菌进行了分离。通过分子生物学方法对分离菌株进行了16S rRNA序列测定和系统发育分析。对分离菌株进行抑菌活性筛选，并测定分离菌株的粗提取物对肿瘤细胞生长的抑制作用。从3种海鞘样品中共分离到细菌181株，其中菊海鞘得到61株细菌；柄海鞘得到53株细菌；玻璃海鞘得到67株细菌。选取其中150株细菌进行基于16S rRNA序列的系统发育分析，结果表明，3种海鞘来源的细菌多样性存在一定的差异。菊海鞘中可培养细菌属于细菌域的3个大的系统发育类群：厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)中的6个科8个属25个种；柄海鞘中可培养细菌属于细菌域的3个相同的门中的4个科4个属21个种；玻璃海鞘可培养细菌属于细菌域的2个大系统发育类群：厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)中的2个科3个属12个种。厚壁菌门的优势菌群为芽孢杆菌属(Bacillus)；变形菌门的细菌都属于γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)；放线菌门的优势菌群为链霉菌属(Streptomyces)。海鞘来源的150株细菌中具有抗菌活性的菌株有80株，占总数的53.3%，对多种革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、人病原真菌和水产动物病原细菌都表现出一定的抑制作用。这80株活性菌株中厚壁菌门的芽孢杆菌属(Bacillus)最多，占69%；其次是链霉菌属(Streptomyces)占10%。海鞘来源的150株细菌中有42个菌株的粗提物对肿瘤细胞MCF-7的生长表现出一定的抑制活性。结果表明，海鞘来源的细菌多样性丰富且可作为发现新颖生物活性物质的潜在资源。