新农合经过近几年的发展，已经实现在农村地区的全覆盖，面临着巩固提高的任务。通过新农合费用结算方式改革，控制医疗费用不合理增长，提高医疗服务质量和效率，提高农民受益程度是现阶段新农合制度建设的一个重要内容。不同的费用结算方式有其特点和适用条件。本文对费用结算方式在理论上作了分析阐述，并选取浙江省嘉善县、陕西省镇安县和云南省禄丰县3县的典型案例，对按服务项目付费、按病种付费、按床日付费和门诊总额预付在农村的实践进行了分析比较，指出预付制在建立自我约束机制、控制费用不合理增长的作用是有效的，并提出了新农合费用结算方式应用的适用性条件，即统筹地区政府开展新农合费用结算方式改革的意愿、信息化管理水平、新农合管理经办机构的监管能力、农村卫生服务体系能力、参合农民的就医流向和专家的技术指导等因素在新农合统筹地区是否开展费用结算方式改革及采取何种费用结算方式改革中起着关键性的作用。针对这些适用性条件，本文提出顺应医改要求，条件成熟的地区可以逐步开展新农合费用结算方式改革，并且提出了适度扩大试点地区，合理确定新农合费用结算方式改革的推进速度，加大对各类费用结算方式的研究和探索，加强指导，及时总结经验、逐步推广等的建议。