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目的1优化质谱串联的色谱条件,提高质谱实际检测效率。2优化PRM参数设置,提高低丰度蛋白的靶向定量检测的通量。3建立双反相色谱串联PRM靶向蛋白质组检测方法,实现低丰度蛋白的快速精确定量。方法1色谱条件的优化,包括增加色谱柱内径、降低柱长,提高洗脱流速,缩短洗脱时间,利用DDA方法对293T细胞提取物样本进行检测,从蛋白和肽段水平对鉴定结果进行统计。2利用293T细胞的预分离样本作为检测对象,对PRM方法中的相关参数进行优化,主要包括离子注入时间、AGC、分辨率、监测时间窗口等,生成的数据利用Proteome Discoverer 1.4软件进行数据库搜索,对比不同参数下目标肽段的检测效率,确定相对最优的参数。3将优化后的色谱条件和PRM仪器参数结合,利用反相色谱分离后的293T细胞和大肠杆菌样本对所建方法的检测通量,稳定性以及定量准确性进行评估。生成的数据利用Skyline软件进行抽提处理。结果1复杂样本的检测显示,在70 min有效梯度内,8 cm色谱柱检测蛋白数为4295,肽段数为23709,与12 cm色谱柱的4455个蛋白和24369条肽段相比,基本相当。有效洗脱梯度时长由70 min缩短为35 min,每分钟检测的蛋白数目提升明显。提高洗脱流速,提升了低丰度蛋白的检测灵敏度,且肽段RT稳定情况明显改善。优化后的色谱柱规格为150μm内径和8 cm长,洗脱流速为800 n L/min,有效洗脱梯度时长为35 min。2相对最优的参数如下:监测时间窗口为1.5 min,质谱的分辨率为15000,AGC大小为1e5,最大离子注入时间为40 ms,目标离子的隔离窗口为1 m/z。3建立的检测方法能够在35 min有效梯度内对150种低丰度目标蛋白(400条肽段)进行快速准确定量。结论该研究优化了色谱条件,为提高质谱检测效率提供一种方向。建立了双反相色谱串联PRM靶向定量方法,为低丰度蛋白的精准定量提供了一种技术选择。