全社会已普遍达成共识，中国经济转型的关键在于产业结构的战略性调整和创新驱动，仅靠外生的资金特别是研发资金的投入来支持创新活动远远不够。本文将内生增长理论、集聚外部性理论、知识溢出理论、创新环境理论有机整合，重点从产业结构外部性的角度探讨创新产出及其分布，系统地分析我国创新产出的驱动因素及其区域差异，明确创新力量的内生动力来源。本文对相关文献进行了总结和梳理，对研究中所涉及的主要概念及衡量标准进行界定，重点分析产业结构外部性与创新产出之间的理论联系，构建研究的理论框架。随后，使用中国30个省、直辖市、自治区下辖的286个地级（及以上）城市2004-2010年18个行业的就业等数据计算城市产业结构的专业化和多样化指数，分析中国地级城市产业结构专业化和多样化的特征，并对创新产出的空间地域分布及其变动进行了描述统计分析。紧接着，本文构建联立方程模型，以2004-2010年我国64个重点城市数据为样本，对产业结构动态外部性如何影响城市经济增长与创新能力进行了实证分析。实证研究表明：产业的多样化更有利于城市经济增长，地区专业化对城市创新能力具有促进作用，地区专业化、多样化与城市密度存在某种意义上的替代性；分区域的估计结果表明，东部城市产业结构的专业化和多样化都对创新产出存在正向影响，且专业化的作用更强劲和显著；中西部城市产业结构专业化也对创新产出有积极作用，不过，其影响程度远小于东部城市。东西部城市的R&D均显著促进创新产出的增加，西部地区R&D的边际效应更为明显。最后，根据研究得到的结论，提出相关政策建议，增强经济发展与创新提升的互动协调，继续坚持实施创新驱动发展战略；充分发挥产业结构的动态外部性对经济增长和创新产出增加的积极作用，注重生产的空间集聚和空间结构优化；注重不同产业间的优势互补与协同配套，为经济发展和创新提升创造良好的外部环境；继续加大R&D投入的同时注意全国层面R&D投入的相对均衡；东部地区侧重通过深入挖掘产业结构动态外部性优势中西部地区注重进一步加大科研投入来提升创新能力。