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文昌鱼是现存生物中最近似于脊椎动物直接祖先的一个类群,在动物进化史上占据了极其重要的地位,是进化生物学、比较基因组学和发育生物学等研究的重要生物模式。白氏文昌鱼(Branchiostoma belcheri)分布于西太平洋沿岸的浅海沙滩,是目前世界上研究较多的几种文昌鱼之一。本研究在系统地摸索并优化了文库构建过程中几个关键技术环节的基础上,构建了国内外第一个白氏文昌鱼细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome, BAC)基因组文库。该文库由45,312个克隆组成,存放于118块384孔板中。通过对随机挑取318个的克隆进行脉冲场凝胶电泳检测,估算出文库克隆平均插入片断为120 kb,相当于文昌鱼基因组大小的12倍,从文库中获得任意目的片断的概率高达99.9995 %。我们采用二轮PCR的方法对4个单拷贝的文昌鱼Pax基因进行筛选,共获得24个阳性克隆,平均每个基因对应6个克隆。结果显示这个文昌鱼的文库质量较高,将成为比较基因组研究的宝贵的资源,为进一步研究脊椎动物的基因组进化奠定了一定的基础,Pax基因编码一组胚胎发育过程中起重要作用的转录因子。为了研究该基因家族的进化历史,本研究将含有Pax基因的4个阳性BAC克隆进行测序,共得到474 kb序列。分析结果表明四个白氏文昌鱼的Pax基因BbPax1/9、BbPax2/5/8、BbPax3/7和BbPax6分别跨越了15.9 kb、68.1 kb、13.1 kb和38.2 kb的基因组序列,包含外显子数目分别为5、9、5和11,编码氨基酸长度分别为363、444、470和461氨基酸。与佛罗里达文昌鱼的同源基因相比较,氨基酸水平上的同源性97.2 %、98.9 %、70.1 %和97.0 %,内含子位置完全一致。结合17个物种的基因组序列的检索和GenBank中已有cDNA的同源性搜索,本研究从数据库中收集了Pax基因家族成员的序列并对其基因结构进行了注释。对4个文昌鱼Pax基因所属的4个亚家族分别进行比较分析,结果显示:1.四个亚家族的复制都发生在脊椎动物分化早期。其中Pax1/9、Pax2/5/8和Pax3/7的进化历史在系统树中得到了清