城市是人们生产和生活的主要空间载体。城市群是城市进阶到完备状态的空间组织形式,被视为是新型城镇化建设的主要形态。中国在经济高速发展的过程中面临着生态环境问题,因此推动城市群经济结构和生产方式的转变,促进城市群的健康发展是改革的关键。区域生态经济系统是一个集经济生态化、环境生态化和社会生态化的复合网络系统模式。构建三大子系统耦合的区域生态经济效率评价指标体系可以测算城市群生态经济效率,定量表征区域生态经济系统的协调发展水平。京津冀、长三角和珠三角城市群是中国城市化发展最成熟的三大区域,因此文章选择三大城市群为研究主体,采用矩阵型网络DEA模型和全局空间自相关检验,实证分析2012-2017年三大城市群区域生态经济效率,进而为改善当地生态经济效率提出建议,同时也为其他城市群的发展提供借鉴。文章根据研究对象发展的特殊性构建适用于三大城市群生态经济效率测算评价指标体系,选择矩阵型网络DEA模型和全局空间自相关检验,实证分析三大城市群生态经济效率。研究结果表明:第一,三大城市群区域生态经济效率发展存在显著差异。珠三角城市群区域生态经济效率最高;京津冀城市群次之,但其生态经济效率增速增长快;长三角城市群总体生态经济效率最低。第二,相较于经济子系统,生态子系统和社会子系统是影响整体生态经济系统更为重要的因素。第三,在空间演化和集聚上,珠三角内部城市整体表现好,但社会效率较低;长三角内部城市间生态经济效率两级分化明显;京津冀内部城市生态经济效率空间集聚有待加强。文章根据实证研究结果提出可操作性的政策建议,如加大生态环境投入,强化环境规制效果;打破行政壁垒,加强区域内部常态化协商对话机制;调整和升级产业结构,提高科技附加值;加大科教文卫投入,发挥人力资本的积极影响。