基于高通量测序的少孢节丛孢转录组分析

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少孢节丛孢是一种典型的食线虫真菌,在无线虫的环境条件下营腐生生活,但在受到线虫诱导后,少孢节丛孢能够形成三维粘性菌网捕食线虫。形成捕食器官也是少孢节丛孢从腐生生活方式转化为寄生生活方式的重要标志。本研究利用线虫提取液诱导少孢节丛孢,并选择其形成捕食器官的三个关键时间节点进行转录组分析,这三个时间点包括0h、诱导前期10h以及诱导后期48h。通过对测序结果的系统生物学分析,研究少孢节丛孢在捕食器官形成过程中基因表达的变化,探索少孢节丛孢生活史转化的表达调控机理。研究结果显示,在0h到10h的诱导前期,共有941个基因表现出显著的表达差异,其中表现为上调的基因数量是496个,表现为下调的基因数量为445个;在10h到48h的诱导后期,发生显著性差异表达的基因数量为824个,其中有459个为上调基因,365个为下调基因;在0h到48h整个诱导过程中则有326个基因表现出了显著性差异表达的现象,其中192个表现出上调的现象,134个则表现为下调。在这三种情况下都表现为上调的基因有17个,分别是:ao0300022、ao0300211、ao0301042、ao0301264、ao0302655、ao0302756、ao0304428、ao0304464、ao0305286、ao0305588、ao0305659、ao0306455、ao0308399、ao0308807、ao0308988、ao0309139、ao0309357;在这三种情况下都表现为下调的基因有4个,分别是:ao0300390、ao0303860、ao0307037、ao0310212。对差异表达基因的COG功能注释结果表明,上调基因主要参与了翻译后修饰,蛋白质周转,伴侣(O)、脂质转运与代谢(I)、次级代谢产物的生物合成、运输与分解代谢(Q)以及无机离子转运与代谢(P)等生物学过程,而下调的基因则主要参与了一般功能预测(R)、碳水化合物的运输和代谢(G)、氨基酸转运与代谢、无机离子转运与代谢(P)等生物学过程。对差异表达基因GO功能注释结果表明,它们主要参与了氧化还原过程、跨膜运输、蛋白质水解、代谢活动以及细胞的应激反应等生物学过程;在分子功能方面主要包括蛋白质结合、ATP结合、催化活性、氧化还原酶活性以及金属离子结合等。在对差异表达基因进行KEGG通路分析过程中,我们发现0到10h诱导前期表达上调基因主要参与了细胞周期以及泛素化系统等通路,表达下调基因则主要参与了乙醛酸和二甲酸亚乙基酰代谢、转运蛋白以及糖酵解/糖质新生等通路;在10到48h诱导后期,表达上调基因主要参与了丙酮酸盐代谢、ABC转运体、色氨酸代谢、以及脂肪酸代谢等通路,而表达下调基因则主要参与了类固醇生物合成、转录因子、丙酮酸盐代谢、乙醛酸与二甲酸亚乙基酰代谢以及生物素代谢等通路;在0到48h的诱导过程中,表达上调基因主要参与了脂质生物合成、转运蛋白以及淀粉与蔗糖的代谢,表达下调则主要参与了核糖体、转运蛋白、肽酶以及苯丙素的生物合成等通路。本论文研究工作通过转录组研究,获得了少孢节丛孢受线虫提取液诱导形成捕食器官过程中的差异表达基因,通过功能注释揭示了诱导过程中可能发挥重要作用的生物学过程和调控通路,为进一步深入研究少孢节丛孢生活史转化过程中的遗传调控机理提供了基础。
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