基于DNA条形码不同地理株白纹伊蚊及其亚组的分子鉴定研究

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:echo_1978
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目的:基于DNA条形码技术从分子水平上研究不同地理株白纹伊蚊线粒体COⅠ基因的差异及应用于白纹伊蚊亚组的分子鉴定,丰富其DNA条形码数据库,为建立不同地理株白纹伊蚊及其亚组的分子鉴定方法提供参考依据。方法:1.根据白纹伊蚊生活习性采集福建省、广东省、海南省、云南省、辽宁省和台湾6个地区的白纹伊蚊成蚊和幼虫。成蚊采集后部分用乙醚麻醉制成针插标本,其余死亡幼虫和成蚊用75%乙醇保存。2.提取单个蚊虫基因组DNA,使用通用引物扩增纯化,进一步克隆测序,获得序列通过NCBI数据库中相应序列进行比对,获得最大同源性达98%及以上线粒体COⅠ基因序列。3.运用MEGA软件、Dna SP 5.0软件、Network4.6软件、Arlequin 3.1软件和IBDWS在线软件对不同地理株白纹伊蚊COⅠ基因结构特征进行比较分析。4.根据白纹伊蚊亚组生活习性采集亚白纹伊蚊、黄斑伊蚊、伪白纹伊蚊和西伯利亚伊蚊,经过形态学鉴定确认。建立白纹伊蚊亚组的5种蚊虫COⅠ基因序列系统发育树,丰富其DNA条形码数据库,应用于白纹伊蚊及其亚组的分子鉴定。结果:1.白纹伊蚊mt DNA-COⅠ基因序列特征获得比对一致的白纹伊蚊COⅠ基因序列共106条,其中福建20条,广东20条,海南19条,云南20条,台湾22条,辽宁5条。所得序列长度均为709bp。A+T含量(67.7%)大于G+C含量(32.3%),符合双翅目昆虫线粒体A、T碱基偏好性的规律。变异位点90个(13.68%),其中转换57处(63.33%),颠换28处(31.33%),5个超变位点(5.56%)。(1)获得不同地理株单倍型共42种,群体间共享单倍型4种,占9.52%,分别为h2、h6、h18、h19。h2为福建、广东、台湾和辽宁共享;h6为福建和广东共享;h18和h19为海南和云南共享。白纹伊蚊单倍型多样性为0.882,核苷酸多样性为0.01017。(2)单倍型家系网络图显示,各单倍型呈一定水平的平行演化,提示白纹伊蚊群体在历史上发生局部扩张。其中未被检测的单倍型极少(5个),共享单倍型H2(34个)、H18(9个)和H19(6个)在群体中的分布丰度较高,分别占32.08%、8.49%和5.66%,可能为扩张的源头,经过1~2步的突变形成各地理株中的单倍型。(3)单倍型COⅠ基因邻接树显示,部分福建株单独聚为一类,置信度高;(海南+云南)、(广东+台湾+辽宁+部分福建)各自聚为一类,但置信度较低。提示单倍型之间的聚类与地理分布呈现一定的相关性,不同地理株白纹伊蚊存在差异。3.不同地理株白纹伊蚊群体遗传结构(1)不同地理株COⅠ基因序列群体内遗传距离大小为福建株>云南株>海南株>台湾株>广东株>辽宁株,群体间遗传距离的范围在0.00091~0.02473之间,福建株和其他地理株间的遗传距离均大于0.02。(2)遗传分化系数Fst和基因流Nm结果显示,白纹伊蚊总的Fst值为0.21871,Nm值为0.893小于1,说明基因流水平未能阻止遗传漂变而引起的群体分化,群体间有一定水平的遗传分化。海南株和云南株之间Nm值大于1,说明两地白纹伊蚊群体遗传分化程度小,基因交流频繁,这两地与其他地理株Nm值均小于1,说明基因交流受到限制。(3)分子方差分析结果显示,不同地理株白纹伊蚊群体内变异(78.13%)大于群体间变异(21.87%),说明白纹伊蚊种群结构的遗传分化主要来自于种群内部。4.白纹伊蚊群体动态中性检验和错配分析结果显示,白纹伊蚊群体在历史上有扩张迹象。从各地理株角度,海南株、云南株和台湾株也有群体扩张迹象。估算白纹伊蚊群体内有效雌蚊数约为3.4×104~7.6×109,群体扩张发生在3.0×105年前。5.群体遗传分化程度与地理距离的关系Fst与地理距离的相关性曲线结果显示:r=0.5789,P=0.0120,说明群体遗传2.不同地理株单倍型之间关系分化程度与地理距离呈正相关。6.白纹伊蚊亚组mt DNA-COⅠ基因结构(1)获得白纹伊蚊亚组COⅠ基因序列15条:亚白纹伊蚊2条、黄斑伊蚊3条、伪白纹伊蚊7条、西伯利亚伊蚊3条。(2)亚组COⅠ基因邻接树显示:白纹伊蚊和亚白纹伊蚊聚为一类,黄斑伊蚊、伪白纹伊蚊、西伯利亚伊蚊各自为一类,且各支置信度高。结论:1.不同地理株白纹伊蚊群体间存在遗传差异,群体遗传分化程度与地理距离呈正相关。2.福建部分特有单倍型可能为新的优势种,其产生原因可能与白纹伊蚊生活的生态和气候环境有关。3.线粒体COⅠ基因作为DNA条形码的靶基因,可以有效对白纹伊蚊群体遗传结构进行分析,并且能够有效鉴别白纹伊蚊亚组。4.白纹伊蚊亚组mt DNA-COⅠ基因的分类鉴定显示:白纹伊蚊和亚白纹伊蚊聚为一类,黄斑伊蚊、伪白纹伊蚊、西伯利亚伊蚊各自为一类。
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