南海位于中国大陆的南缘、4°N-24°N之间的热带、亚热带水域。因周边受印支、马来半岛、印尼和菲律宾群岛的包围，而成为地球上三大半封闭海之一。南海总面积约350万Km~2。由于地处欧亚板块、印-澳板块和太平洋板块的交汇处，故构造活动剧烈。在南海诞生与演化的4500万年的地史中，至少经过两次海底扩张事件、才形成今日-不但有广阔陆架、陆坡，纵横的海槽、海沟，还有深邃的海盆，及众多的海台、海山和星罗祺布的岛礁，这一南海特有的地理景观。 南海复杂的地理景观，在炎热气候的协同下孕育着高度丰富的鱼类生物多样性。本文整理了南海分布的鱼类计有2321种，占我国海洋鱼类总数的76.70％，它们分隶于26目236科822属，因这些鱼类皆为暖水、暖温鱼种，故区系特征应属印度-马来区系。但鉴于广袤海区中的生境多样性及其地理阻隔，久而久之产生了区系的分异，经笔者用相似性聚类，其结果更明晰看出在南海北部陆坡以北(含陆坡与东沙群岛)水域的鱼类区系与东海水域有较高的相似性，而西南沙群岛，包括巽他陆架区则与印-菲鱼类有更高相似性，应划分为二个区系亚单位，并似分属两种资源类型。前者多为较大宗底层经济鱼类，如(鱼旨)科、狗母鱼科、石首鱼科、羊鱼科、石鲈科、大眼鲷科等居多和鲐鲣、鲲、小沙丁等小、中型中上层鱼类为主的资源利用类型。后者则以隆头鱼科、鹦嘴鱼科、蝴蝶鱼科、雀鲷科和裸胸鳝类较多的岛礁鱼类为主，和鲣、狐鲣、金枪鱼等大中型中上层鱼类居多的资源类型，进而形成不同类型的南海渔业与渔业区划。 南海区在上世纪八十年代的中国渔业区划调查时，已编制过渔业区划。在当时条件下，该区划在一定程度上反映了该海域的渔业性质、类型和区划，但笔者在本论文撰写过程中，从海区地理、特别是构造地貌角度、配合鱼类区系特征，再次审视原渔业区划时，则感到该区划尚存在缺乏景观地理与动物区系依据不足之嫌，故经整理进一步提出了南海渔业区应划为：北部陆架渔业区、陆坡渔业区、巽他陆架和西南沙岛礁等四个次级渔业区及其三级单位划分。 此外，论文尚就当前和潜在的南海安全，包括国防安全、环境安全，经济安全诉表了笔者的隐忧、并对南海渔业的可持续发展提出了一些个人的意见和建议。