我国高等教育大众化10年来,高校发展规模在不断地壮大。为了保证高校教学、科研与服务的顺利进行,高校基本建设进入了快速的发展期,但是高校建设项目管理存在的问题越来越突出,特别是高校基建项目工程造价管理问题。案例研究显示,大部分高校基建项目在建设过程中常常存在着严重的“三超”问题,即工程决算超预算、预算超概算、概算超估算的现象,致使工程不能按原计划投入生产和使用,大量占用学校的教学和科研经费,影响高校整体建设的规划发展。这些问题困扰着高校的领导者和决策者。本研究在总结了国内外工程造价管理理论与经验的基础上,结合国内高校基建项目管理的现状特点,采用文献法、访谈调查法、个案分析法等研究方法,以高校基建项目决策阶段、设计阶段、招投标阶段、施工阶段和竣工结算审计阶段的工程造价管理五大流程为研究内容；对高校基建管理和审计管理人员进行了深度访谈并分析对比了高校工程造价报表、材料价格分析表、工程造价成本分析表、估算、概算、预算、结算表,研究结果表明：高校基建项目决策阶段和设计阶段对高校基建项目工程造价影响最大,比例达到80%-90%；高校现阶段采用“最低价中标”的招投标方式弊端较多,有待于改善和提高；基建项目设备材料价格对工程造价的影响较大,市场信息化价格体制还不成熟；高校基建项目竣工结算审计阶段效率和质量还需要完善。在综合分析调查结果和工程案例后,笔者认为要解决高校基建项目的“三超”问题,建议进行科学合理的高校基建项目决策；加强限额设计的应用；采用“次低价中标”的招投标模式；做好设备材料的认质认价工作；提高高校基建项目审计效率和质量等五个方面来着手,切实把好各个环节关口,从而为我国高校基建项目工程造价管理整体水平的提高提供一定的参考和借鉴。