事业单位是具有中国特色的组织机构，在社会主义市场经济体系中充当着重要的角色，是公益服务的主要载体。为了顺应时代要求和充分发挥事业单位作用，国务院党中央对事业单位颁布了分类改革的方案。作为第三类改制为企业的事业单位，许多研究所生存体制发生了巨大的变革，原本积累的问题和新问题交织出现，特别是由一个政府部门下属单位如何变成一个在市场经济的竞争下求生存的企业组织这种重大问题的出现，迫使这部分单位必须从自身转变，考虑组织的组织结构应该进行怎样的变革才能适应市场要求，从而顺利地完成转型。组织结构是组织实现其战略及使命的载体，是组织变革中决定性因素，也是组织解决经营中各种困境的有效手段。本文通过对组织结构的概念解析，将组织结构拆为业务结构和管理结构两个方面，分析事业单位组织结构的现状并与转企运营对事业单位的要求进行对比。为了适应现代市场的竞争，组织的业务结构中需加强服务意识运营，业务需要流程化、多样化、个性化使顾客满意，组织需要构建核心业务、消除非增值的活动从而建立组织核心竞争力。管理结构的变革又从管理理念和管理方法两个方面进行了分析。在管理理念上，组织内部开展战略管理，进行人性化管理，培养良好的企业文化；在管理方法上，本文提出了外部控制向内生动力转变、权力集中向权力分享转变、刚性管理向柔性管理转变三点变革。通过以上这些变革的实施，最终再辅以具有扁平化、网络化、柔性化、动态化、分权化等特点的矩阵型组织结构为具体形式，结合“两栖组织法”建立针对不同目标和人群有不同形式的组织结构。通过这次组织结构的变革，设计出既能保证原有工作效率，又能保证服务质量提高的组织结构，满足顾客和内部员工的各种需求，营造创新型企业的工作氛围，实现转企运营后事业单位适应现代市场经济的可能。