Schumpeter(1912)最早提出创新是经济增长和发展的根本动力;Aghion、Howitt(1992,1998)通过构造理论框架得出一个充分竞争市场环境中是不会缺乏创新,发达国家技术贡献在经济增长比率中长期居高不下也为此提供了经验证据。但大量实证研究表明,中国经济快速增长是依靠不断增加要素投入和低成本带来的竞争优势,而不是依靠TFP的提高(Krugman,2001;刘瑞翔,2013),且中国经济增长中的技术进步因素也主要是引进技术带来的,自主技术创新成分很少,(郑京海、胡鞍钢,2005)。自主创新薄弱使我们在国际分工中大都处于产业链低端,核心技术受制于人;粗放型增长方式效率低下,也带来巨大资源环境压力,制约我国国家竞争力的提高以及经济转型跨越“中等收入门槛”(陈清泰,2011)。渐进式改革和长期以来以“增长、稳定”为导向的价格管制导致要素市场发育程度滞后于商品市场,我国生产要素价格存在不同程度的“低估”现象(高帆,2008;张曙光、程炼,2010)。价格是资源稀缺性的信号,标准经济学理论告诉我们价格扭曲会降低资源配置效率。大量实证研究证实,资源误置因素影响了我国全要素生产率TFP,使实际产出低于潜在最大产出(陈永伟、胡伟民,2011;Hsieh、Klenow,2009)。企业是追求利润最大化的理性行为主体,生产要素价格扭曲刺激企业密集使用有形要素,鲜有动力投资于自主创新。企业创新动力匮乏会抑制我国自主创新和技术进步以及在国际分工中的结构升级。如果实证探究结果要素市场价格扭曲对我国自主创新有显著影响,只要创造有利条件使价格尽可能反映资源要素的真实价值及其稀缺性,就能释放更多的自主创新潜力。文章通过构建自主创新评价指标体系,实证计量1998-2012年我国30个省自主创新能力指数;构建生产函数计算资本、劳动要素扭曲和要素总扭曲度;并构回归建模型用GMM方法分析我国自主创新能力与要素价格扭曲之间的关系。得到以下结论:第一,1998-2012年间我国资本和劳动要素扭曲程度总体上呈逐年下降趋势,说明随着我国市场化程度不断加深,生产要素市场扭曲得到改善。第二,资本要素和劳动要素价格扭曲显著抑制了我国自主创新能力的提高;技术溢出、基础设施、产业结构对地区自主创新能力有显著促进作用。第三,在我国人均收入更高,经济更发达的地区,要素价格扭曲对地区自主创新能力抑制作用更大,人均收入更高的地区往往资金、技术实力更雄厚,对外开发和市场化程度更高,降低要素价格扭曲会释放更多自主创新能力潜力。