在科技经济全球化日益深入的新形势下,协同创新已成为整合资源、提高创新效率的有效途径。积极推动企业、高校、科研机构、政府、中介机构的之间的深层次互动与合作,提高创新主体的创新水平,是提升我国自主创新能力、建设创新型国家的关键所在。目前,我国区域创新中政产学研等创新主体间尚未建立全方面、常规化的合作关系,科技成果市场化和产业化不足。那么北部湾经济区协同创新的发展程度如何,政府如何发挥作用营造良好环境,协调企业、高校、科研机构之间的互动关系,促进协同创新的顺利进行?这些是协同创新中首要面对的问题。本文正是以此为视角,探讨了目前北部湾经济区协同创新的发展现状、影响因素及各创新主体存在的问题,提出了提升政府协同创新能力的对策。首先在理论方面叙述了协同创新的概念、构成、理论基础、运行机理,对目前北部湾经济区协同创新的发展现状及面临的问题进行分析,再以复合系统协调理论为基础,从产业、高校、科研机构、政府四方面对广西北部湾经济区2008～2012年创新主体的协同创新协调度进行测算,并从纵向分析北部湾经济区4市创新主体协同创新子系统内部的序参量变化和各子系统协调变化的趋势。实证结果显示,2008～2012年间北部湾经济区政产学研协同创新系统的协调度经历了从不协调到逐渐协调发展的过程,但总体上协同创新程度不高；南宁市政产学研协同创新系统协调值远高于其他三市,北海、钦州、防城港次之,具有城市间发展不均衡的特征。根据评价结果,提出提升北部湾经济区政府协同创新能力的对策,试图为政府推进北部湾经济区协同创新工作提供参考借鉴。